en federal Flaggräkning föreslogs i Cooköarnas Parlament 1892, men samtycktes inte till. Den föreslagna flaggan hade bestod av tre horisontella ränder (röd, vit, röd), med en union flagga i det övre vänstra hörnet, överlagrad av en svart kokospalm på en vit cirkel. När öarna annekterades av Nya Zeeland 1901 användes Nya Zeelands flagga istället.
1973 hölls en tävling för att designa en ny flagga, med 120 poster., Vinnaren valdes vid ett möte i skåpet, bedömningspanelen och flaggdesignkommittén, en grön ensign med 15 guldstjärnor i en cirkel., Guldet var att representera ”Cook Islanders vänlighet och deras hopp, tro, hängivenhet, kärlek och lycka”; cirkeln representerade ”enighet och styrka av syfte och gjutning av 15 öar till ett enat folk”; stjärnorna var ”symboler för Häv, tro på gud och den kraft som har väglett Cook Islanders genom hela sin historia”; och den gröna bakgrunden var att representera ”nation, vitaliteten i landet och folket i den vintergröna och bestående tillväxten av Cooköarna”. Den nya flaggan höjdes för första gången den 24 januari 1974.,
1979 ersattes den av den nuvarande flaggan.