En Føderal Flagg Bill ble foreslått i Cook Islands Stortinget i 1892, men ble ikke godkjent. Den foreslåtte flagget hadde besto av tre horisontale striper (rød, hvit, rød), med en Union Flagget i øverste venstre hjørne, er dekket av en svart kokosnøtt palmen på en hvit sirkel. Når øyene ble annektert av New Zealand i 1901, New Zealand flagget ble brukt i stedet.
I 1973 en konkurranse som ble holdt for å utforme et nytt flagg, med 120 oppføringer., Vinneren ble valgt på et møte i regjeringen, dommer-panelet og flagget design committee, en grønn, lys over norge med 15 gull stjerner i en sirkel., Det var gull for å representere den «vennlighet av Cook Øyboere og deres håp, tro, hengivenhet, kjærlighet og lykke»; sirkelen representert «samhold og styrke av formål og støping av 15 øyer til ett united folk»; stjernene ble «symboler av hiv, tro på gud og den makt som har guidet Lage mat Øyboerne i hele deres historie», og den grønne bakgrunnen var å representere «nasjon, vitalitet av landet og folket i den eviggrønne og varig vekst av Cook-Øyene». Det nye flagget ble hevet for første gang på 24 januar 1974.,
I 1979 ble det erstattet av den nåværende flagg.