Im Parlament der Cookinseln wurde 1892 ein Bundesflaggengesetz vorgeschlagen, dem jedoch nicht zugestimmt wurde. Die vorgeschlagene Flagge hatte aus drei horizontalen Streifen (rot, weiß, rot) bestanden, mit einer Union-Flagge in der oberen linken Ecke, überlagert von einer schwarzen Kokospalme auf einem weißen Kreis. Als die Inseln 1901 von Neuseeland annektiert wurden, wurde stattdessen die neuseeländische Flagge verwendet.
1973 fand ein Wettbewerb zur Gestaltung einer neuen Flagge mit 120 Einsendungen statt., Der Gewinner wurde bei einer Sitzung des Kabinetts, der Jury und des Flaggendesignkomitees ausgewählt, einem grünen Fähnrich mit 15 goldenen Sternen im Kreis., Das Gold sollte die „Freundlichkeit der Cook-Inselbewohner und ihre Hoffnung, ihren Glauben, ihre Hingabe, ihre Liebe und ihr Glück“ repräsentieren; der Kreis repräsentierte „Einheit und Stärke des Zwecks und die Formung von 15 Inseln zu einem vereinten Volk“; die Sterne waren „Symbole des Aufstiegs, des Glaubens an Gott und der Macht, die Cook-Inselbewohner im Laufe ihrer Geschichte geführt hat“; und der grüne Hintergrund sollte die „Nation, die Vitalität des Landes und die Menschen des immergrünen und anhaltenden Wachstums der Cook-Inseln“darstellen. Die neue Flagge wurde erstmals am 24. Januar 1974 gehisst.,
1979 wurde es durch das aktuelle Flag ersetzt.