návrh zákona o federální vlajce byl v Parlamentu Cookových ostrovů navržen v roce 1892, ale nebyl schválen. Navrhovaná vlajka se skládala ze tří vodorovných pruhů (červená, bílá, červená), s unijní Vlajku v levém horním rohu, překryté černou kokosové palmy na bílý kruh. Když byly ostrovy v roce 1901 anektovány Novým Zélandem, místo toho byla použita Novozélandská vlajka.
v roce 1973 se konala soutěž o návrh nové vlajky se 120 přihláškami., Vítěz byl vybrán na zasedání kabinetu, soudného panelu a Výboru pro návrh vlajky, zeleného praporčíka s 15 zlatými hvězdami v kruhu., Zlato bylo reprezentovat „vstřícnost Cook Islanders a jejich naději, víru, odhodlání, láska a štěstí“; kruh představuje „jednotu a sílu účel a frézování se z 15 ostrovů do jednoho spojených lidí“; hvězdy byly „symboly nebes, víru v boha a síla, která má řídit Cook Islanders v celé jejich historii“; a zelené pozadí byl k reprezentaci „národa, vitalitu půdy a lidé z evergreen a trvalý růst Cook Islands“. Nová vlajka byla poprvé vztyčena 24. ledna 1974.,
v roce 1979 byla nahrazena současnou vlajkou.