Cookinsaarten parlamentissa ehdotettiin vuonna 1892, mutta ei suostuttu. Ehdotettu lippu oli koostui kolme horisontaalista raitaa (punainen, valkoinen, punainen), jossa Unionin Lippu vasemmassa yläkulmassa, päällekkäin musta coconut palm tree valkoinen ympyrä. Kun saaret liitettiin Uuteen-Seelantiin vuonna 1901, sen sijaan käytettiin Uuden-Seelannin lippua.
vuonna 1973 järjestettiin uuden lipun suunnittelukilpailu, johon osallistui 120 osanottajaa., Voittaja valittiin kokouksessa kaappi, tuomaristo ja lipun suunnittelu komitea, vihreä, valkeus 15 kultaista tähteä ympyrässä., Kulta oli edustaa ”ystävällisyys Kokki Saarelaiset ja heidän toivoa, uskoa, omistautumista, rakkautta ja onnea”; ympyrä edustaa ”yhtenäisyys ja vahvuus tarkoitukseen ja ruiskuvalu 15 saaret yhdeksi iso-ihmisiä”; tähdet olivat ”symbolit läähättää, usko jumalaan ja voima, joka on ohjannut Kokki Islanders koko niiden historia”; ja vihreä tausta oli edustaa ”kansakunnan elinvoimaa maa ja kansa ikivihreä ja kestävä kasvu Cook-Saaret”. Uusi lippu nostettiin ensimmäisen kerran 24.,
vuonna 1979 se korvattiin nykyisellä lipulla.