en føderal Flagregning blev foreslået i Cookøernes parlament i 1892, men blev ikke godkendt. Den foreslåede flag havde bestod af tre vandrette striber (rød, hvid, rød), med en Union Flag i øverste venstre hjørne, overlejret af en sort kokosnød palme på en hvid cirkel. Da øerne blev annekteret af Ne..ealand i 1901, blev ne. .ealand flag brugt i stedet.
i 1973 blev der afholdt en konkurrence for at designe et nyt flag med 120 poster., Vinderen blev valgt på et møde i kabinettet, dommerpanel og flag design committee, en grøn ensign med 15 guldstjerner i en cirkel., Det blev guld til at repræsentere den “venlighed af Kokken Øboerne og deres håb, tro, engagement, kærlighed og lykke”; den cirkel, der er repræsenteret af “enhed og styrke af formål og formning af 15 øer i et forenet folk”; stjernerne blev “symboler på hive, tro på gud, og den magt, der har styret Cook Islanders i hele deres historie”; og den grønne baggrund var at repræsentere den “nation, vitalitet af land og folk af den stedsegrønne og varig vækst i Cook-Øerne”. Det nye flag blev rejst for første gang den 24.januar 1974.,
i 1979 blev det erstattet af det nuværende flag.