Una legge federale sulla bandiera fu proposta nel Parlamento delle Isole Cook nel 1892, ma non fu approvata. La bandiera proposta era composta da tre strisce orizzontali (rosso, bianco, rosso), con una bandiera dell’Unione nell’angolo in alto a sinistra, sovrapposta da una palma da cocco nera su un cerchio bianco. Quando le isole furono annesse dalla Nuova Zelanda nel 1901, fu usata invece la bandiera della Nuova Zelanda.
Nel 1973 si tenne un concorso per la progettazione di una nuova bandiera, con 120 voci., Il vincitore è stato scelto in una riunione del gabinetto, della giuria e del flag design committee, un guardiamarina verde con 15 stelle d’oro in un cerchio., L’oro doveva rappresentare la “cordialità degli isolani Cook e la loro speranza, fede, dedizione, amore e felicità”; il cerchio rappresentava “unità e forza di intenti e lo stampaggio di 15 isole in un unico popolo unito”; le stelle erano “simboli di sollevamento, fede in Dio e il potere che ha guidato gli isolani Cook nel corso della loro storia”; e lo sfondo verde doveva rappresentare la “nazione, la vitalità della terra e il popolo della crescita sempreverde e duratura delle Isole Cook”. La nuova bandiera fu issata per la prima volta il 24 gennaio 1974.,
Nel 1979 è stato sostituito dalla bandiera attuale.