Ustawa o fladze Federalnej została zaproponowana w Parlamencie Wysp Cooka w 1892 roku, ale nie została zaakceptowana. Proponowana flaga składała się z trzech poziomych pasów (czerwony, biały, czerwony), z flagą Unii w lewym górnym rogu, nałożoną czarną palmą kokosową na białym kółku. Kiedy Wyspy zostały zaanektowane przez Nową Zelandię w 1901 roku, zamiast niej użyto flagi Nowej Zelandii.
w 1973 roku odbył się konkurs na zaprojektowanie nowej flagi, w którym zgłoszono 120 zgłoszeń., Zwycięzca został wybrany na posiedzeniu Rady Ministrów, komisji sędziowskiej i Komisji projektowej flagi, zielony chorąży z 15 złotymi gwiazdami w Kole., Złoto miało symbolizować „życzliwość Wysp Cooka i ich nadzieję, wiarę, poświęcenie, miłość i szczęście”; krąg reprezentował „jedność i siłę celu oraz ukształtowanie 15 wysp w jeden zjednoczony lud”; gwiazdy były „symbolami falowania, wiary w Boga i mocy, która kierowała Wyspami Cooka w całej ich historii”; a zielone tło miało symbolizować „naród, żywotność ziemi i ludzi wiecznie zielonych i trwałego wzrostu Wysp Cooka”. Nowa flaga została podniesiona po raz pierwszy 24 stycznia 1974 roku.,
w 1979 roku została zastąpiona obecną flagą.