a Federal Flag Bill was proposed in the Cook Islands Parliament in 1892, but was not assented to. A bandeira proposta consistia de três listras horizontais (vermelho, branco, vermelho), com uma bandeira da União no canto superior esquerdo, sobreposta por uma palmeira de coco preto em um círculo branco. Quando as ilhas foram anexadas pela Nova Zelândia em 1901, a bandeira da Nova Zelândia foi usada.
em 1973 um concurso foi realizado para projetar uma nova bandeira, com 120 entradas., O vencedor foi escolhido em uma reunião do gabinete, júri e o Comitê de design da bandeira, um alferes verde com 15 Estrelas de ouro em um círculo., O ouro foi para representar a “simpatia de Ilhas Cook e a sua esperança, a fé, a dedicação, o amor e a felicidade”; o círculo representava a “união e força de propósito e a moldagem de 15 ilhas para um povo unido”; as estrelas eram “símbolos de alçada, a fé em deus e o poder que tem guiado Cook Ilhas ao longo de sua história”; e o fundo verde foi para representar a nação, a vitalidade da terra e o povo da perene e duradoura do crescimento das Ilhas Cook”. A nova bandeira foi hasteada pela primeira vez em 24 de janeiro de 1974.,
em 1979 foi substituído pela bandeira atual.