1892年にクック諸島議会で連邦旗法案が提案されたが、同意しなかった。 提案された旗は三つの横縞（赤、白、赤）で構成されており、左上隅に連合旗があり、白い円の上に黒いココナッツヤシの木が重ねられていた。 1901年に島がニュージーランドに併合されると、代わりにニュージーランドの旗が使用された。
1973年には新しい旗をデザインするためのコンテストが開催され、120の応募がありました。, 勝者は、内閣、審査委員会、旗設計委員会の会議で選ばれ、円の中に15個の金の星が付いた緑の少尉でした。, 金は”クック島民の親しみやすさとその希望、信仰、献身、愛と幸福”を表し、円は”目的の団結と強さと15の島を一つの統一された人々に成形”を表し、星は”ヒーブ、神への信仰と彼らの歴史を通してクック島民を導いてきた力のシンボル”であり、緑の背景は”国家、土地の活力とクック諸島の常緑樹と永続的な成長の人々”を表すことでした。 新しい旗は24January1974に初めて掲げられました。,
1979年に現在の旗に置き換えられました。