Un projet de loi fédéral sur le drapeau a été proposé au Parlement Des Îles Cook en 1892, mais n’a pas été approuvé. Le drapeau proposé était composé de trois bandes horizontales (rouge, blanc, rouge), avec un drapeau de l’Union dans le coin supérieur gauche, recouvert d’un cocotier noir sur un cercle blanc. Lorsque les îles ont été annexées par la Nouvelle-Zélande en 1901, le drapeau néo-zélandais a été utilisé à la place.
en 1973, un concours a été organisé pour concevoir un nouveau drapeau, avec 120 inscriptions., Le gagnant a été choisi lors d’une réunion du cabinet, du jury et du comité de conception du drapeau, une enseigne verte avec 15 ÉTOILES d’or dans un cercle., L’or devait représenter « la gentillesse des habitants Des Îles Cook et leur espoir, leur foi, leur dévouement, leur amour et leur bonheur »; le cercle représentait « l’unité et la force du dessein et la transformation de 15 îles en un seul peuple uni »; les étoiles étaient « des symboles de soulèvement, de foi en Dieu et de la puissance qui a guidé les habitants des Îles Cook tout au long de leur histoire »; et le fond vert devait représenter « la nation, la vitalité de la terre et le peuple de la croissance durable et à feuilles persistantes des Îles Cook ». Le nouveau drapeau a été hissé pour la première fois le 24 janvier 1974.,
En 1979, il a été remplacé par l’actuel drapeau.