Un proyecto de Ley de bandera Federal fue propuesto en el Parlamento de las Islas Cook en 1892, pero no fue aprobado. La bandera propuesta había consistido en tres franjas horizontales (roja, blanca, roja), con una bandera de la Unión en la esquina superior izquierda, superpuesta por una palmera de coco negra en un círculo blanco. Cuando las islas fueron anexionadas por Nueva Zelanda en 1901, la bandera de Nueva Zelanda fue utilizada en su lugar.
en 1973 se llevó a cabo un concurso para diseñar una nueva bandera, con 120 entradas., El ganador fue elegido en una reunión del gabinete, el panel de jueces y el Comité de diseño de la bandera, una insignia verde con 15 estrellas de oro en un círculo., El oro debía representar la «amistad de los habitantes de las Islas Cook y su esperanza, fe, dedicación, amor y felicidad»; el círculo representaba «la unidad y la fuerza de propósito y el moldeado de 15 islas en un pueblo unido»; Las estrellas eran «símbolos de la fuerza, la fe en Dios y el poder que ha guiado a los habitantes de las Islas Cook a lo largo de su historia»; y el fondo verde debía representar la «Nación, la vitalidad de la tierra y la gente del crecimiento perenne y duradero de las Islas Cook». La nueva bandera fue izada por primera vez el 24 de enero de 1974.,
en 1979 fue reemplazado por la bandera actual.