Gnaeus Pompeius var äldste son till Pompejus den store (Gnaeus Pompeius Magnus) av sin tredje hustru Mucia Tertia. Både han och hans yngre bror Sextus Pompey växte upp i skuggan av sin far, en av Roms bästa generaler och inte ursprungligen en konservativ politiker som drev till den mer traditionella fraktionen när Julius Caesar blev ett hot. När Caesar korsade Rubicon 49 f. Kr., vilket startade ett inbördeskrig, följde Gnaeus sin far i deras flykt till öst, liksom de flesta av de konservativa senatorerna., Pompeys armé förlorade slaget vid Pharsalus 48 f. Kr., och Pompeius själv var tvungen att springa för sitt liv, bara för att bli mördad i Egypten den 29 September samma år.
Efter mordet gick Gnaeus och hans bror Sextus till motståndet mot Caesar i Afrika-provinsen. Tillsammans med Metellus Scipio, Cato de yngre och andra senatorer, förberedde de sig för att motsätta sig Caesar och hans armé till slutet. Caesar besegrade Metellus Scipio och Cato, som begick därefter självmord, i Slaget vid Thapsus år 46 F.KR. Gnaeus flydde, den här gången till Balearerna, där han gick med i Sextus., Tillsammans med Titus Labienus, tidigare general i Caesars armé, gick bröderna Pompeius över till Hispania (den Iberiska halvön, bestående av moderna Spanien och Portugal), där de uppvuxna ännu en armé.
Caesar följde snart och den 17 mars 45 f.Kr. möttes arméerna i slaget vid Munda. Båda arméerna var stora och ledda av kunniga generaler. Slaget var nära kämpat, men så småningom vände en kavalleriladdning av Caesar händelser till sin sida. I striden och den panikade flykt som följde, Titus Labienus och uppskattningsvis 30 000 män i Pompeian sidan dog., Gnaeus och Sextus lyckades fly en annan gång men anhängare var svåra att hitta. Det var vid det här laget klart Caesar hade vunnit inbördeskriget. Inom några veckor blev Gnaeus Pompeius hörn och dödad av Lucius Caesennius Lento. Sextus Pompeius kunde hålla ett steg före sina fiender och överlevde sin bror i ytterligare ett decennium.