tre vanliga tekniska termer inom molekylärgenetik, exon, intron och codon, har specifika tekniska definitioner, men används ofta i skyndade eller korta presentationer. Det viktigaste att komma ihåg är att exon och introner är egenskaper hos DNA, medan kodon är egenskaper hos RNA. Homologa sekvenser i den andra typen av kärnor måste kallas något annat, annars finns det en fara att rollerna av DNA och RNA i den centrala dogmen (”DNA gör rna gör Protein”) kommer att förväxlas.,
per definition är exoner och introner sekvenser i ett proteinkodande genområde av en dubbelsträngad DNA-molekyl (dsDNA) som uttrycks som proteiner eller mellanliggande sekvenser som inte uttrycks så. Exonerna och intronerna visas vanligtvis som enkelsträngade sekvenser av Sense-strängen i dsDNA, skrivet 5 ’-3’, vänster till höger.
transkription av den kompletterande mallsträngen ger en heterogen nukleär RNA (hnRNA) som är identisk (co-linjär) i 5′ -3 ’ orientering och bassekvenser till DNA Sense-strängen, med substitution av U för T., RNA-sekvenserna som motsvarar DNA-exonerna och intronerna kallas ibland ”exoner” och ”introner”, men detta är tekniskt felaktigt och förvirrar också deras funktionella roll i transkription och översättning med exoner och introner som gensekvenser i DNA. Rna-sekvenserna som motsvarar DNA-exoner och introner kan kallas ”exon-transkript” respektive ”intron-transkript” respektive ”ekvivalenter”.
behandling av hnRNA till mRNA innebär excision (”skarvning ut”) av intron transkript och ligering av de återstående exonerna., När den slutliga mRNA bildas är översättning processen att läsa (som aminosyror) en serie trebassekvenser som kallas kodon. Kodon läses enligt den genetiska koden, som är en RNA-kod. Eftersom mRNA-regionen motsvarar DNA exon kan samma serie identifieras i Sense-strängen (ersätter T för U). De tre-bas DNA-motiven är några som kallas ”codons”, men detta är igen tekniskt felaktigt och förvirrar informationsinnehållet i gener med funktionen av RNA i den genetiska koden. DNA-ekvivalenterna till kodon kan kallas trillingar.,’
i bioinformatik presenteras ibland 64 trillingar som en ”översättningstabell” som kan användas direkt med DNA Sense-Strängsekvensen för att dra slutsatsen proteinsekvensen. Detta är praktiskt, förutom att ”översättning” här betyder ”utvinning av kodad information” inte är densamma som den molekylära processen för mRNA översättning.
Det finns en app för detta: se SM Carr, HT Wareham & Craig D. 2014. En webbapplikation för generering av DNA-sekvens exemplar med öppna och slutna läsramar i genetik och bioinformatik utbildning., CBE – Life Sciences Education 13, 373-374, som granskar detta och innehåller en app som gör dsDNA som proteinsekvenser.