Notes to Reductionism in Biology
1. James Griesemer (2000, 2002, 2011) stelt dat wetenschappers eeneuristisch gebruik maken van reductie in pogingen om verschillende theories en modellen aan elkaar te relateren. Hoewel dit verslag duidelijk methodologisch is, richt het zich niet op hoe wetenschappers moleculaire mechanismen ontdekken of reductieve verklaringen van gehelen ontwikkelen in termen van delen. Het is dus verschillend van de Betekenis van methodologisch reductionisme die hier wordt gebruikt.
2., De kwestie van de vermindering heeft een belangrijke rol gespeeld in zowel de filosofie van de geest als de filosofie van de sociale wetenschap. In het eerste is een centrale vraag of en in welke zin mentale fenomenen kunnen worden gereduceerd tot fysieke fenomenen. Philosophers of mind hebben geavanceerde accounts ontwikkeld die zich concentreren op ontologische reductie en mereologischeconstitutie (bijv., supervenience; zie Kim 1998, 2005)., In de filosofie van de sociale wetenschappen zijn de belangrijkste vragen of sociale fenomenen alleen kunnen worden verklaard in termen van de interacties van individuen, of verschillende gebieden van de sociale wetenschappen kunnen worden gereduceerd tot economie, en of de sociale wetenschappen als geheel kan worden teruggebracht tot een of meer van de natuurwetenschappen (Kincaid1997). Ongeacht of reductie wordt beschouwd binnen de filosofie van de biologie, de geest, of de sociale wetenschap, soortgelijke ideeën en argumenten zijn gebruikt in deze verschillende gebieden (bijvoorbeeld meervoudige realisatie; zie paragraaf 4.2).
3., “Laat ons nu, als je wilt, Stel je voor dat een kleine worm in het bloed leeft, wiens zicht scherp genoeg is om de deeltjes van bloed, lymfe, enz.te onderscheiden., en zijn reden om te observeren hoe elk deel oncollision met een ander ofwel rebounds, of communiceert een deel van zijn eigen beweging, enz. Die worm zou in dit bloed leven zoals wij in dit deel van het universum leven, en hij zou elk deeltje bloed beschouwen als een geheel, en geen deel., En hij kon niet weten hoe alle onderdelen worden beheerst door de universele aard van het bloed, en worden gedwongen, zoals de universele aard van het bloed vereist, om zich aan te passen aan de een, om te harmoniseren met elkaar op een bepaalde manier., Voor ifwe stel je voor dat er geen oorzaken buiten de bloed te communicatenew bewegingen van het bloed, en dat buiten het bloed is er nospace, en geen andere organen, waarin de deeltjes van bloed couldtransfer hun beweging, het is zeker dat het bloed zou remainalways in de staat, en de deeltjes zouden lijden geen wijzigingen otherthan degenen die kunnen worden opgevat van de gegeven relatie van themotion van het bloed en de lymfe en chyle, enz. en dus zou bloed altijd beschouwd moeten worden als een geheel en niet als een deel., Maar omdat er heel veel andere oorzaken zijn die op een bepaalde manier de lagen van de aard van het bloed controleren, en op hun beurt door het bloed worden gecontroleerd,komt het er dus op neer dat andere bewegingen en andere veranderingen in het bloed plaatsvinden, die niet alleen voortvloeien uit de loutere relatie van de beweging van zijn delen tot elkaar, maar uit de relatie van de beweging van het bloed en ook van de uiterlijke oorzaken tot elkaar: op deze manier heeft het bloed het karakter van een deel en niet van een geheel.,… alle lichamen van de natuur kunnen en moeten worden verwekt op dezelfde manier als wij hier het bloed hebben verwekt ” (Spinoza toOldenburg, brief 32; Wolf 1966, 210-211).
4., “Nu is het waar dat de uiteindelijke elementen van georganiseerde matterare juist degenen die het aangaan van de samenstelling van Unorganizedsubstances: Maar door de werking van een kracht, onderscheiden fromGravitation, moleculaire aantrekking, of een van de bekende imponderableagents die actief zijn op de ongeorganiseerde stoffen, deze elementen assumecombinations van een karakter wezenlijk verschillen van die welke zijn het resultaat van de gewone chemische affiniteiten” (Owen, HunterianLectures in Sloan 1992, p.209).
5., De mid-twentieth century scheiding van discussies over relaties tussen domeinen van de wetenschap (Nagelian theory reduction) en relaties tussen delen en gehelen in de biologie (explanatoryreduction) is concreet zichtbaar in David Hull ‘ s Philosophyof Biological Science (1974). Hoofdstuk 1 is een terecht beroemde discussie over de moeilijkheden bij het bewerkstelligen van theorie-reductietussen klassieke en moleculaire genetica, maar hoofdstuk 5,”Organicism and Reductionism”, is relativelyneglected., Het omvat een heel andere reeks thema ‘ s, met inbegrip vanvitalisme, biologische organisatie en complexiteit, en de relaties tussen delen en gehelen in levende systemen.
6. Rosenberg ‘ s argument bevat een aantal controversiële premissen, zoals de noodzaak van strikte wetten in de biologische verklaring en de distinctie tussen moleculaire en functionele biologie (voor kritiek,zie Kaiser 2015, chap. 4-5, Love 2007, Love et al. 2008). De intersectie van natuurlijke selectie en moleculaire biologie in de context van verklarend reductionisme is onderzocht door Sarkar (2005 )met veel minder optimisme.
7., Bijvoorbeeld, ” cellulaire context is belangrijk bij het ontcijferen van hoe EGF interageert met EGFR . Vanuit een algemeen perspectief, is zorg raadzaam wanneer generaliserende ligand-receptor interactie resultaten over meerdere cellen-lijnen ” (Björkelund et al. 2011, 1). Ook, “agenten die aan het enzym binden die de reactie katalyseren, kunnen deze Michaelis constant beïnvloeden … alle componenten van dezelfde levende cel kunnen de rol beà nvloeden die het enzym speelt in het gedrag van de cel, met inbegrip van de componenten die nog niet bekend zijn”(Westerhoff and Kell 2007, 37-38).
8., In het debat over de relaties tussen de klassieke en molecuulargenetica, noemt Philip Gasper (1992) deze “multiplesupervenience” om het te contrasteren met multiperealisering. Een andere manier om een soortgelijk punt te maken is datbiologische entiteiten en processen (met inbegrip van moleculaire) vaak hun causale eigenschappen extrinsiek bezitten (dat wil zeggen, als gevolg van functies buiten de drager van de eigenschap). Bijvoorbeeld, is een specifiek segment van DNA een gen als gevolg van zijn capaciteit om voor een functioneel product te coderen, dat van zowel de elementen van DNA aan dit gen als niet-genetische factoren afhangt., Daarom is het zijn van een geneis een eigenschap van een segment van DNA, maar een extrinsieke.
9. De afleiding die door de theoretische reductie voor moleculaire biologie wordt geëist, vereist dat de premissen een zuiver moleculaire specificatie van de totale context bevatten. Hoewel nagel en Schaffner de theorie van de reductie hebben uitgelegd, hebben zij niet aangetoond hoe ze de moleculaire deductie kunnen bewerkstelligen., Zelfs Schaffner ’s meest gedetailleerde defense ofreduction (Schaffner 1993) richt zich op de voorwaarde van connectability,het geven van een gedeeltelijk verslag van hoe het predicaat”dominantie” gebruikt in de klassieke genetica te relateren aan uitdrukkingen vanbiochemie. Hij geeft echter geen enkel voorbeeld van een verklaring op een hoger niveau die kan worden afgeleid uit een theorie op een lager niveau;en theoriereductie vereist dat aan de voorwaarde vanderivabiliteit wordt voldaan., Het debat over Schaffner ‘ s model is vooral gericht op de voorwaarde van verbondenheid, met name of een moleculaire karakterisering van het begrip klassieke geneis mogelijk. Maar zoals Hull (1974) duidelijk maakte, heeft een criticus van theorievermindering niet meer nodig dan een argument tegen connecteerbaarheid als noodzakelijke voorwaarde voor reductie, terwijl een reductionist afleiding moet verdedigen boven connecteerbaarheid.
10. Een van Schaffner ‘ s antwoorden op Hull met betrekking tot het eenmansobjectie is dat de moleculaire context van een mechanisme in de premissen kan worden opgenomen voor zover het er toe doet., Wimsatt (1976a) wijst er terecht op dat het benadrukken van de integratie van context altijd zal afhangen van hoe mechanismen worden geïndividualiseerd (Hüttemann en Love 2011; zie Paragraaf 4.3). Schaffner ‘ s verhuizing naar de totale context impliceert dat elk twee mogelijke situaties verschillende globale moleculaire configuraties zullen hebben, maar anderen zien dit als hetzelfde mechanisme onverschillige contexten. In het algemeen vereist de behandeling van delen van verschillendeparticulaire moleculaire configuraties als instantiating van hetzelfde type mechanisme., Een gevolg van deze behoefte aan algemeenheid is dat hetzelfde soort mechanisme in verschillende contexten kan optreden, mogelijk met een ander effect. Dit gevoel van één-vele relaties tussen moleculaire en hogere niveausoorten sluit niet noodzakelijk sometypes van vermindering uit, maar verklaringen in moleculaire biologie moeten aan gevoelig zijn voor de bijbehorende epistemische kwesties.
11. Hoger niveau wetten kunnen uitzonderingen hebben: bijvoorbeeld, ifMd, een van de moleculaire soorten realisaties, veroorzaakt geen van de realizersN1,…, Nj ofT., Waters (1990) heeft betoogd dat het verklaren van een dergelijke uitzondering een beroep op het moleculaire niveau detail vereist en daarom een vorm van reductionisme is. Dit contrasteert met Fodor (1974) die betoogde dat een reductionistische benadering het elimineren van de hogere levelgeneraliteit aanmoedigt ten gunste van uitzonderlijk lagere levelwetten. Maar wetenschappers accepteren vaak hogere niveauwetten ondanks uitzonderingen die een beroep moeten doen op het moleculaire niveau juist omdat ze gericht zijn op zowel hogere als lagere niveausituaties.
12., De noties van meervoudige realisatie en supervaring werden oorspronkelijk ontwikkeld in de filosofie van het bewustzijn als onderdeel van een niet-reductief fysicalism over mentale verschijnselen. Of deze concepten voldoende rekening houden met de relatie tussen mentale en fysieke fenomenen is in vraag gesteld (Kim 1992, 1998). De status van meervoudige realisatie in de filosofie is momenteel een onderwerp van discussie en kan afhangen van bepaalde metafysische verplichtingen over het concept van realisatie (Gillett2002, 2003, 2010)., “Realisatie” neemt verschillende rollen aan in wetenschappelijke en filosofische discussies (Wilson and Craver 2007) en de Betekenis van deze verschillen is nog niet geanalyseerd voor de situaties van meervoudige realisatie die vaak worden besproken in de filosofie van de biologie (maar zie Gillett 2016). Biologische voorbeelden die in deze filosofische discussies worden gebruikt, zoals ogen, zijn vaak niet met voldoende zorg en precisie behandeld (Couch 2005, 2009).
13. “Van de meer dan 1 miljoen diersoorten richt de moderne ontwikkelingsbiologie zich op een zeer klein aantal dat vaak wordt beschreven als modelorganismen.,”Dit komt omdat de motivatie voor hun studie niet alleen is om te begrijpen hoe dat dier zich ontwikkelt, maar om het te gebruiken als een voorbeeld van hoe alle dieren zich ontwikkelen” (Slack 2006, 61).
14. Een minder vaak voorkomend bezwaar betreft de vraag of de domeinen die reductief gerelateerd zijn, daadwerkelijk verschillend zijn. Bijvoorbeeld, Russell Vance (1996) heeft betoogd tegen de vooronderstelling dat klassieke genetica en moleculaire genetica afzonderlijke gebieden of theorieën zijn (bijvoorbeeld:”genetica is het gebied van de biologische wetenschap dat het meest direct vatbaar lijkt voor de filosofische opvatting van wetenschappelijke reductie., De belangrijkste reden hiervoor is dat er in de geneticser zijn twee duidelijk identificeerbare theorieën, organen van de wet, uitdrukkingen van regelmatigheid-een moleculaire en een niet-moleculaire” ). Hoewel dit de wereldwijde pogingen ondermijnt om klassieke genetica en moleculaire genetica reductief met elkaar in verband te brengen, en moduleert hoe lokale verklaringreducties te begrijpen, kan de algemenere impact ervan worden opgevat als een waarschuwing tegen de veronderstelling dat twee gebieden van de biologie in de praktijk of in principe verschillend zijn (zoals vaak in theoriereductiewordt gedaan)., Men kan niet zomaar aannemen dat een individualisering van de epistemicunits reductief gerelateerd is.
15. Bijvoorbeeld, sommige verklaringen in ontwikkelingsbiologie lijken te zijn gebaseerd op tijdelijke representaties die niet zijn gekoppeld aan de temporale organisatie van mechanismen (bijvoorbeeld, normale stadia). Zo ja, dan kan de kwestie van de temporaliteit in verklaringen niet worden teruggebracht tot de kwestie van de temporaliteit in een mechanisme. Bovendien lijkt de kwalitatieve verandering in ontogenie, waar nieuwe structuren ontstaan uit verschillende ontwikkelingsvoorlopers, niet zonder meer geschikt voor een mechanismebenadering., “Mechanisme” is ook aanbevolen door degenen die reductionisme bespreken in de context van evolutionaire biologie (Brandon 1996).
16. E. g.: “Het hart is een uitstekend voorbeeld zowel van de hugeadvances die zijn gemaakt met behulp van de reducerende benadering en van thesevere grenzen van deze benadering” (Edele 1998, 56); “Ourresults suggereren dat de cellulaire reacties geïnduceerd door multiplexprotein kinase-remmers kan een emergente eigenschap die niet beunderstood volledig gezien alleen de som van individualinhibitor-kinase interacties” (Kung et al.,racescollective verschijnselen” (Goldenfeld en Woese 2007, 369);”het Begrijpen van de dynamiek van besmettelijke ziektes transmissiondemands een holistische benadering, maar de modellen van vandaag grotendeels ignorehow epidemieën veranderen van individueel gedrag” (Ferguson 2007, 733);”Het collectieve gedrag van de materie kan aanleiding geven tot startlingemergent eigenschappen die wijzen op het verband tussen biologie andphysics” (Coleman 2007, 379); “Na een aantal decadesdominated door de reductionistische benaderingen in de biologie, onderzoekers arereturning tot de studie van de complexe biologie met een litanie van nieuwe en oldtechniques” (Hogenesch en Ueda 2011, 407)., Noble (2006)vertegenwoordigt een boek-length behandeling in deze geest.
17. “De formalisering van de hier gebruikte ervaring is de toepassing van een te wijten aan Jaegwon Kim” (Rosenberg 1978, 373).Verwijzend naar Kim ‘ s paper “NomologicalIncommensurables” (gelezen op het Oberlin Colloquium in 1977),vervolgt Rosenberg in een voetnoot: “mijn schulden aan dit paper zijn niet beperkt tot zijn rekening van overvaring., In feite is het volledige perspectief dat hier wordt gehanteerd met betrekking tot de relatie tussen de theoriën die betrokken zijn bij de reductie, en de invloed van causaal en mereologisch determinisme op deze relatie, geïnspireerd door dit artikel…. De lezer wordt verwezen naar Kim ‘ s paper voor een volledig overzicht van de supervaring en haar rol in de ethiek, esthetiek, en de filosofie van de geest in het algemeen.”