Amerikaanse Burgeroorlog en na
de volgende Amerikaanse poging tot onderzeeër oorlog kwam tijdens de Burgeroorlog (1861-65) toen de zuidelijke staten hun toevlucht namen tot “onconventionele” methoden om de superieure sterkte van de noordelijke Marine te overwinnen, uitgeoefend in een blokkade van zuidelijke havens. In 1862 Horace L. Hunley van Mobile, Ala., financierde de bouw van een zuidelijke onderzeeër genaamd Pioneer, een vaartuig dat was 34 voet lang en werd aangedreven door een hand-cranked propeller bediend door drie mannen., Het werd waarschijnlijk tot zinken gebracht om de verovering te voorkomen toen de Noordelijke troepen New Orleans bezetten (hoewel sommige verslagen zeggen dat de pionier verloren ging met iedereen aan boord tijdens een duik terwijl hij onderweg was om Noordelijke schepen aan te vallen).de tweede onderzeeër die door dezelfde bouwers werd ontwikkeld, was een opmerkelijk geavanceerd concept: een ijzeren boot van 25 voet die moest worden aangedreven door een batterij en elektromotoren. Het was niet verrassend dat er geen geschikte motoren konden worden gevonden, dus werd een propeller die door vier mannen werd aangezwengeld opnieuw aangenomen. De onderzeeër zonk zonder verlies van leven in zware zeeën bij Mobile Bay terwijl hij de vijand probeerde aan te vallen.,de derde onderzeeër van de Confederatie was de H. L. Hunley, een aangepaste ijzeren ketel met een lengte tussen 36 en 40 voet. Ballasttanks en een systeem van gewichten ondergedompeld het vaartuig; het kon reizen met een snelheid van vier mijl per uur, aangedreven door acht mannen aanzwengelen zijn propeller. Zijn bewapening bestond uit een” torpedo”, gevuld met 40 kilogram buskruit, die achter de onderzeeër werd gesleept aan het einde van een 200 voet lange lijn. De Hunley moest onder een vijandelijk oorlogsschip duiken en de torpedo tegen zijn romp slepen., Na een succesvolle test tegen een schuit, werd de Hunley verplaatst door de spoorlijn naar Charleston, S. C. daar het schip leed verschillende rampen, zinken drie keer en verdrinken een aantal bemanningsleden, waaronder Hunley zelf. De Hunley was voor de vierde keer bemand en werd uitgerust met een torpedo aan het einde van een lange ligger, en het vaartuig maakte verschillende succesvolle duiken. In de nacht van februari. 17, 1864, de onderzeeër viel het noordelijke oorlogsschip Housatonic in Charleston harbour., De ontploffing van de torpedo explodeerde de tijdschriften van het oorlogsschip: de Housatonic zonk in ondiep water met het verlies van vijf man, maar de Hunley werd ook vernietigd door de explosie, en de bemanning werd gedood.een van de meer onverschrokken uitvinders van de onderzeeboot uit dezelfde periode was Wilhelm Bauer, een officier van de Beierse artillerie die twee boten bouwde, Le Plongeur-Marin (1851) en Le Diable-Marin (1855). De eerste boot zonk in de haven van Kiel op Februari. 1, 1851, maar Bauer en zijn twee assistenten ontsnapten van een diepte van 18 meter nadat het vaartuig vijf uur op de bodem had gelegen., Zijn tweede schip, gebouwd voor de Russische regering, was succesvol en maakte naar verluidt 134 duiken voordat hij op zee verloren ging. In September 1856, tijdens de kroning van tsaar Alexander II, onderwaterde Bauer zijn onderzeeër in de haven van Kronshtadt met verschillende muzikanten aan boord. Een onderwatervertaling van het Russische volkslied werd duidelijk gehoord door mensen in schepen in de haven.