fylogenie, de geschiedenis van de evolutie van een soort of groep, in het bijzonder met betrekking tot afstamingslijnen en relaties tussen brede groepen organismen.
fundamenteel voor de fylogenie is de stelling, algemeen aanvaard in de wetenschappelijke gemeenschap, dat planten of dieren van verschillende soorten afstammen van gemeenschappelijke voorouders. Het bewijs voor zulke verwantschappen is echter bijna altijd onvolledig, want de overgrote meerderheid van de soorten die ooit hebben geleefd, zijn uitgestorven, en relatief weinig van hun overblijfselen zijn bewaard gebleven in het fossielenregister. De meeste fylogenieën zijn daarom hypothesen en zijn gebaseerd op indirect bewijs. Verschillende fylogenieën ontstaan vaak met hetzelfde bewijs., Niettemin, is er universele overeenstemming dat de boom van het leven het resultaat van organische afstamming van vroegere voorouders is en dat ware fylogenieën, althans in principe ontdekt zijn.