Koptisk-Ortodokse Kirken i Alexandria, også kalt Koptisk-Ortodokse Kirke, Orientalsk-Ortodokse kirken, og rektor Kristne kirken i overveiende Muslimske Egypt. Folk i Egypt før den Arabiske erobringen i det 7. århundre identifisert seg selv og sitt språk i gresk som Aigyptios (arabisk qibṭ, Vestliggjort som Copt). Når Egyptiske Muslimer senere sluttet å kalle seg Aigyptioi, begrepet ble det særegne navnet på den Kristne minoriteten., I det 19. og 20. århundre begynte de å kalle seg Koptisk-Ortodokse for å skille seg både fra Copts som hadde konvertert til Katolisismen (se også Koptisk-Katolske Kirke) og fra Øst-Ortodokse, som for det meste er gresk (se også gresk-Ortodokse Patriarkatet i Alexandria).
I det 4. og 5. århundre en teologisk konflikt oppsto mellom Copts og den gresk-talende Romerne, eller Melchites, i Egypt. På Kirkemøtet i Kalkedon (451) avviste monophysite lære—troen på at Jesus Kristus hadde bare en guddommelig, og ikke et menneske, natur—og bekreftet både hans guddommelighet og hans menneskelighet. Den Melchites anerkjent utfallet av Kalkedon., Den Koptiske kirken, men ble en av flere Østlige kirker som avviste Kristologisk språk om de to naturer i Kristus som er avtalt i Kalkedon. Ennå mens den Romersk-Katolske og Østlige Ortodokse kirker fordømt disse Østlige kirker som monophysite kjettere, den Koptisk kirke og andre pre-Chalcedonian eller (siden det 20. århundre) Orientalske Ortodokse kirker vedtatt en teologisk posisjon kalles miaphysitism. Å bekjenne uttalelse av St. Cyril av Alexandria (ca., 375-444) uttalte at «en inkarnert natur av Guds Ord», miaphysites erklærte at både Kristi menneskelighet og guddommelighet var like tilstede gjennom Inkarnasjonen i én natur (derav den greske forstavelsen mia, «samme») som er Ordet som ble kjød. Heller enn å fornekte Kristi menneskelighet, slik de ble anklaget for å gjøre, den Koptiske og andre miaphysite kirker ga både sin egen menneskelighet og hans guddommelighet lik tilstedeværelse i personen Kristus.
Etter den Arabiske erobring av Egypt i det 7. århundre, the Copts sluttet å snakke gresk, og språkbarrieren lagt til uenigheten., Ulike forsøk på kompromiss med den Bysantinske keisere kom til intet. Senere, den Arabiske kalifene, selv om de hadde en tendens til å favorisere de som er vedtatt Islam, interfererte ikke mye i kirkens indre anliggender. Den jizya, den skatt som ilegges ved ikke-Muslimer som bor i en Islamsk stat, ble avskaffet i det 18. århundre.
arabisk er nå brukt i tjenester for den Koptisk Ortodokse Kirken for erfaringene fra Bibelen, og for mange av de variable salmer; bare visse kort avstår at churchgoing folk forstår alle er ikke på arabisk. Tjenesten bøker, bruke liturgi opp tilskrevet St., Mark, St. Cyril av Alexandria, og St. Gregor av Nazianzus, er skrevet på Koptisk (den Bohairic dialekt av Alexandria), med arabisk tekst i parallelle kolonner.
Den Koptisk-Ortodokse Kirken utviklet et demokratisk styresett etter 1890-tallet., Patriarken og 12 bispedømmets biskoper, med hjelp av samfunnet råd som legfolket er godt representert, regulere økonomien i kirker og skoler og administrasjon av regler for ekteskap, arv, og andre forhold av personlig status. Da patriarken dør, en electoral college, hovedsakelig av legfolk, velger tre behørig kvalifisert munker minst 50 år som kandidater for office of patriark. Blant disse tre, det endelige valget er laget av mye etter bønn.,
høyest rangerte biskopen er patriarken av Alexandria, som er bosatt i Kairo, han er kalt paven og krav apostolisk myndighet for sitt kontor fra St. Mark. Kirken har sin egen grunnskoler og videregående skoler i mange steder i Egypt, så vel som en sterk søndag-skolen bevegelse for religiøs opplæring av barn i stand til å gå til Koptisk skoler., Det er et Institutt for Koptiske Studier i Kairo, et teologisk college forbundet med instituttet, og en Koptisk museum; undervisning av den Koptisk-Ortodokse Kirken har til og med bli grunnlag av pensum brukt i religiøse instruksjon av Kristne barn i offentlige skoler.
Det er Koptisk-Ortodokse kirkene i Jerusalem og i andre områder av det Hellige Land, bygget i det 19. og 20. århundre, samt en Koptisk biskopsråd i Khartoum, Sudan. Kirken har også en liten tilstedeværelse i Nord-Amerika, Australia og Storbritannia., Den Etiopiske, armensk, og Syrisk Ortodokse kirker er alle Orientalske Ortodokse kirker i samsvar med den Koptisk-Ortodokse Kirke. De Orientalske Ortodokse kirker ble ansett som kjettersk i århundrer av den Romersk-Katolske og Østlige Ortodokse kirker. Siden slutten av det 20. århundre, men den Koptisk-Ortodokse Kirke, som andre Orientalske Ortodokse kirker, har gått inn i dialog med begge, løse mange teologiske stridigheter og tiltrekke anerkjennelse som doktrinært i hovedstrømmen av ortodoks Kristendom.