Gnaeus Fortsatt var den eldste sønn av Pompeius den Store (Gnaeus Fortsatt Magnus) med sin tredje kone, Mucia Tertia. Både han og hans yngre bror romerske hæren Pompeius vokste opp i skyggen av sin far, en av Romas beste generaler og ikke opprinnelig en konservativ politiker som drev til den mer tradisjonelle fraksjon da Julius Cæsar ble en trussel. Når Cæsar krysset Rubicon i 49 F.KR., og dermed starte en borgerkrig, Gnaeus etterfulgt sin far i deres flukt til Øst, som gjorde de fleste av de konservative senatorer., Pompeius ‘ s hær tapte Slaget ved Pharsalus i 48 F.KR., og Pompeius hadde selv å kjøre for livet, bare for å bli drept i Egypt 29. September samme år.
Etter drapet, Gnaeus og hans bror romerske hæren sluttet seg til motstanden mot Cæsar i Afrika-Provinsen. Sammen med Metellus Scipio, Cato den Yngre og andre senatorer, de forberedt til å motsette seg Cæsar og hans hær til slutt. Cæsar beseiret Metellus Scipio og Cato, som senere begikk selvmord, i Slaget ved Thapsus i 46 F.KR.. Gnaeus rømt, denne gangen til Balearene, hvor han sluttet seg til romerske hæren., Sammen med Titus Labienus, tidligere general i cæsars hær, den Pompeius brødre krysset over til Hispania (den Iberiske Halvøya, bestående av moderne Spania og Portugal), hvor de reist enda en hær.
Cæsar fulgte snart etter, og den 17. Mars i år 45 F.KR., hærer møttes i Slaget ved Munda. Begge hærer var store og ledet av dyktige generaler. Kampen var tett kjempet, men til slutt et kavaleriangrep av Cæsar slått hendelser på sin side. I kampen og fikk panikk rømme som fulgte, Titus Labienus og anslagsvis 30 000 som menn av Pompeiske side døde., Gnaeus og romerske hæren klarte å flykte fra en annen tid, men tilhengere ble vanskelig å finne. Det var nå klart Cæsar hadde vunnet krigen. I løpet av et par uker, Gnaeus Fortsatt var fanget og drept av Lucius Caesennius Lento. Romerske hæren Fortsatt var i stand til å holde seg ett skritt foran sine fiender, og overlevde sin bror for et nytt tiår.