Dette murstein nygotisk stil kirke med sin høye tårnet erstattet en tidligere 1872 kirken sterkt skadet av 1886 jordskjelv. Bygget i 1891, den beholder sin opprinnelige alteret, nattverd jernbane, benker, og lysarmaturer. Sanctuary er en av bare noen få uendret religiøse interiør i Charleston som daterer seg fra den Viktorianske perioden. I dag Emanuel er den eldste African Methodist Episcopal church i Sør, og huser den eldste svarte forsamlingen sør av Baltimore, MD.,
historien til denne forsamlingen som gjenspeiler utviklingen av religiøse institusjoner for Afro-Amerikanere i Charleston. Dens røtter stammer fra en religiøs gruppe av gratis svarte og slaver organisert i 1791. I 1816, svarte medlemmer av Charleston er Methodist Episcopal Church trakk seg tilbake over omstridt gravfelt, og under ledelse av Morris Brun, dannet en egen menighet. Kirkens av 1400 medlemmer snart etter å ha etablert seg en African Methodist Episcopal church, et kirkesamfunn formelt etablert i samme år i Philadelphia, Pennsylvania., To år senere, Brown og andre prester i kirken ble fengslet for brudd på statlige og lokale lover som forbød religiøse sammenkomster av slaver og frie svarte uavhengig av hvit tilsyn.