Riguardava la presenza di soldati armati in città che avrebbe portato a accuse di coercizione, Paolo decise di rinviare il concilio fino a quando non avrebbe potuto trovare un’altra sede. Vicenza accettò di ospitare il concilio nel maggio 1538 e Paolo chiamò in città i vescovi. Quando arrivarono pochi vescovi, il papa, ancora una volta, rinviò il concilio. Tre anni dopo, papa Paolo III e l’imperatore Carlo V si incontrarono in Italia per discutere del concilio, e l’imperatore suggerì la città imperiale di Trento come sede del concilio., Il papa accettò e emise una bolla che chiedeva che il concilio si riunisse a Trento nel novembre 1542. Tuttavia, la guerra continua in Europa ha impedito l’arrivo di un numero sufficiente di vescovi e il consiglio è stato ancora una volta sospeso. Alla fine, la pace fu raggiunta e il concilio iniziò il 13 dicembre 1545.
Il Concilio di Trento è uno degli incontri più importanti della storia della Chiesa., Chiamato a definire l’autentica dottrina cattolica in risposta alla rivoluzione protestante e ad inaugurare un periodo di autentica riforma, le sessioni del concilio dureranno diciotto anni (a causa di due lunghe sospensioni). Ma il lavoro effettivo del concilio è durato quattro anni e mezzo, comprendendo tre pontificati. Il consiglio ha prodotto più decreti e canoni in volume di tutta la legislazione dal precedente diciotto consigli.
La prima riunione si è svolta dal 1545 al 1547 e si è concentrata principalmente sulla definizione delle procedure da utilizzare per condurre gli affari conciliari., Ha anche approvato decreti riguardanti la Sacra Scrittura e la Sacra Tradizione, il canone della Scrittura (i settantatre libri contenuti nella Vulgata), il Peccato Originale, e la Giustificazione. I vescovi hanno respinto la dottrina protestante chiave della giustificazione “sola fede”, dichiarando che la fede deve essere accompagnata dalla speranza e dall’amore e illustrata nella vita attraverso le buone opere. Il concilio iniziò anche una revisione dottrinale dei Sacramenti e definì il Battesimo e la Cresima. Decreti di riforma fuorilegge assenteismo (vescovi che non vivono nella loro diocesi) e il pluralismo (un uomo come vescovo di più diocesi)., Purtroppo, la grande opera iniziata dal concilio fu sospesa quando un esercito papale in marcia attraverso Trento portò il tifo, lasciando diversi vescovi malati e persino uccidendone uno. I padri conciliari votarono per spostare l’incontro a Bologna e riconvocare in quaranta giorni, ma la proposta di modifica della sede fece così arrabbiare Carlo V che Paolo III sospese il concilio per altri quattro anni.
Quando il concilio si riunì di nuovo, papa Giulio III (r. 1550-1555), che era stato l’anziano legato pontificio alla prima riunione di Trento, succedette a Paolo III., In questo secondo incontro, i vescovi hanno affermato l’insegnamento cattolico sull’Eucaristia, in particolare la dottrina della transustanziazione, nonché i sacramenti della penitenza e dell’estrema unzione (unzione degli infermi). Un’altra sospensione conciliare si è verificato nel 1552, quando un esercito protestante conquistato Innsbruck, solo 110 miglia da Trento, e Papa Giulio temeva un attacco contro i vescovi riuniti. Passerebbe un intero decennio prima della ripresa dei lavori del Consiglio.
Nel decennio successivo, Papa Giulio III morì e gli succedette Giovanni Angelo Medici, che prese il nome di Pio IV (r. 1559-1565)., Impegnato nella riforma, Pio IV chiamò i vescovi del mondo a riunirsi ancora una volta a Trento per la terza riunione del concilio. Questo incontro è stato il più produttivo e ben partecipato, con oltre 250 vescovi. I padri conciliari emanarono decreti riguardanti la struttura gerarchica della Chiesa, la vita religiosa, il Purgatorio, la venerazione delle reliquie, l’intercessione dei santi e le indulgenze. Il consiglio si è anche concentrato sulla formazione e la formazione del clero, imponendo l’istituzione di un “seminario” in ogni diocesi in tutta la Chiesa., L’abuso di sanzioni spirituali, come la scomunica e l’interdetto, per scopi politici è stato affrontato come vescovi sono stati ricordati di utilizzare queste sanzioni con parsimonia e per il corretto scopo.
Il concilio ha chiesto ai vescovi di vivere nella loro diocesi e di non assentarsi per più di tre mesi e mai durante i periodi di Avvento e Quaresima. I vescovi sono stati esortati a visitare tutte le parrocchie della diocesi almeno una volta all’anno e a predicare ogni domenica. Il ministero unico del Romano Pontefice è stato evidenziato in risposta agli attacchi protestanti contro il papato., Per rinvigorire la spiritualità cattolica, i padri conciliari hanno chiesto la revisione e la pubblicazione del Messale romano e del Breviario (Ufficio Divino). I padri conciliari chiesero anche la creazione di un Catechismo universale che potesse essere utilizzato per insegnare la Fede al fine di combattere gli errori del protestantesimo.
Dopo tre incontri in un periodo di diciotto anni, Papa Pio IV chiuse il concilio il 4 dicembre 1563 e promulgò i suoi decreti. Il Concilio di Trento cambiò radicalmente la Chiesa cattolica, che divenne più vivace, dedicata e focalizzata sull’evangelizzazione., Nelle parole dello storico francese Henri Daniel-Rops, ” C’era davvero, nel 1563, una nuova Chiesa cattolica, più sicura del suo dogma, più degna di governare le anime, più consapevole della sua funzione e dei suoi doveri.”