Gneo Pompeo era il figlio maggiore di Pompeo Magno (Gneo Pompeo Magno) dalla sua terza moglie, Mucia Tertia. Sia lui che suo fratello minore Sesto Pompeo crebbero all’ombra del padre, uno dei migliori generali di Roma e non originariamente un politico conservatore che si allontanò dalla fazione più tradizionale quando Giulio Cesare divenne una minaccia. Quando Cesare attraversò il Rubicone nel 49 a. C., iniziando così una guerra civile, Gneo seguì suo padre nella loro fuga verso Est, come fece la maggior parte dei senatori conservatori., L’esercito di Pompeo perse la battaglia di Farsalo nel 48 AC, e Pompeo stesso dovette correre per la sua vita, solo per essere assassinato in Egitto il 29 settembre dello stesso anno.
Dopo l’omicidio, Gneo e suo fratello Sesto si unirono alla resistenza contro Cesare nella Provincia africana. Insieme a Metello Scipione, Catone il Giovane e altri senatori, si prepararono ad opporsi a Cesare e al suo esercito fino alla fine. Cesare sconfisse Metello Scipione e Catone, che successivamente si suicidò, nella battaglia di Thapsus nel 46 AC. Gneo fuggì, questa volta alle Isole Baleari, dove si unì a Sesto., Insieme a Tito Labieno, ex generale dell’esercito di Cesare, i fratelli Pompeo attraversarono l’Hispania (la penisola iberica, comprendente l’odierna Spagna e il Portogallo), dove sollevarono un altro esercito.
Cesare seguì presto e, il 17 marzo 45 a.C., gli eserciti si incontrarono nella battaglia di Munda. Entrambi gli eserciti erano grandi e guidati da generali capaci. La battaglia fu combattuta da vicino, ma alla fine una carica di cavalleria di Cesare girò gli eventi dalla sua parte. Nella battaglia e nella fuga in preda al panico che ne seguì, Tito Labieno e circa 30.000 uomini della parte pompeiana morirono., Gneo e Sesto riuscirono a fuggire un’altra volta, ma i sostenitori erano difficili da trovare. Era ormai chiaro che Cesare aveva vinto la guerra civile. Nel giro di poche settimane, Gneo Pompeo fu messo alle strette e ucciso da Lucio Cesare Lento. Sesto Pompeo fu in grado di tenere un passo avanti ai suoi nemici e sopravvisse a suo fratello per un altro decennio.