Questa chiesa in stile neogotico in mattoni con il suo alto campanile sostituì una precedente chiesa del 1872 gravemente danneggiata dal terremoto del 1886. Costruito nel 1891, conserva il suo altare originale, la ferrovia della comunione, i banchi e le lampade. Il santuario è uno dei pochi interni religiosi inalterati a Charleston che risalgono al periodo vittoriano. Oggi Emanuel è la più antica chiesa episcopale metodista africana nel sud e ospita la più antica congregazione nera a sud di Baltimora, MD.,
La storia di questa congregazione riflette lo sviluppo delle istituzioni religiose per gli afroamericani a Charleston. Le sue radici derivano da un gruppo religioso di neri e schiavi liberi organizzato nel 1791. Nel 1816, i membri neri della Chiesa metodista episcopale di Charleston si ritirarono su un terreno di sepoltura conteso e, sotto la guida di Morris Brown, formarono una congregazione separata. I 1.400 membri della chiesa si costituirono subito dopo una chiesa episcopale metodista africana, una denominazione formalmente istituita nello stesso anno a Filadelfia, Pa., Due anni dopo, Brown e altri ministri della chiesa furono incarcerati per aver violato le leggi statali e locali che proibivano le riunioni religiose di schiavi e neri liberi indipendenti dalla supervisione bianca.