Gnaeus Pompeius byl starší syn Pompeia velikého (Gnaeus Pompeius Magnus), jeho třetí manželka, Mucia Tertia. On i jeho mladší bratr Sextus Pompey vyrostli ve stínu svého otce, jednoho z nejlepších římských generálů a původně konzervativního politika, který se dostal do tradičnější frakce, když se Julius Caesar stal hrozbou. Když Caesar překročil Rubikon v roce 49 před naším LETOPOČTEM, a tak začíná občanská válka, Gnaeus následoval svého otce v jejich útěk na Východ, stejně jako většina konzervativních senátorů., Pompeiův armáda prohrála Bitvu o Farsalos v roce 48 před naším LETOPOČTEM, a Pompeius sám musel běžet o svůj život, jen aby byl zavražděn v Egyptě na 29. září téhož roku.
po vraždě se Gnaeus a jeho bratr Sextus připojili k odporu proti Caesarovi v provincii Afrika. Spolu s Metellus Scipio, Cato mladšími a dalšími senátory se připravili postavit proti Caesarovi a jeho armádě až do konce. Caesar porazil Metellus Scipio a Cato, který následně spáchal sebevraždu, v Bitvě o Thapsus v 46 před naším LETOPOČTEM. Gnaeus utekl, tentokrát na Baleárské ostrovy, kde se připojil k Sextusovi., Spolu s Titem Labienem, bývalým generálem v armádě Caesara, Pompeia bratři přešel do Hispánie (Pyrenejský Poloostrov, zahrnující moderní Španělsko a Portugalsko), kde se zvýšil ještě další armádu.
Caesar brzy následoval a 17.března 45 př. n. l. se armády setkaly v bitvě u Mundy. Obě armády byly velké a vedené schopnými generály. Bitva byla úzce bojována, ale nakonec kavalérie poplatek Caesar obrátil události na jeho stranu. V bitvě a panickém útěku, který následoval, Titus Labienus a odhadem 30,000 muži Pompejské strany zemřeli., Gnaeus a Sexta se podařilo utéct, jindy ale stoupenci byli těžké najít. Už bylo jasné, že Caesar vyhrál občanskou válku. Během několika týdnů byl Gnaeus Pompeius zahnán do kouta a zabit Luciem Caesenniusem Lentem. Sextus Pompeius byl schopen udržet krok před svými nepřáteli a přežil svého bratra dalších deset let.