Războiul Civil American și după
următorul încercarea SUA de la submarinul de război a venit în timpul Războiului Civil (1861-65) atunci când Statele Confederate au recurs la „neconvenționale” metode pentru a depăși Uniunii Marinei puterea superioară, exercitată într-o blocadă în Sud. În 1862 Horace L. Hunley Din Mobile, Ala., a finanțat construirea unui submarin confederat numit Pioneer, o ambarcațiune care avea 34 de metri lungime și era condusă de o elice cu manivelă acționată de trei bărbați., Probabil a fost abandonat pentru a preveni capturarea acestuia atunci când forțele Uniunii New Orleans (deși unii spun că Pioneer a fost pierdut cu toți cei de la bord în timpul unei scufundări în drum pentru a ataca Uniunea nave).cel de-al doilea submarin dezvoltat de aceiași Constructori a fost un concept remarcabil de avansat: o barcă de fier de 25 de picioare destinată să fie propulsată de o baterie și motoare electrice. Nu este surprinzător că nu s-au găsit motoare adecvate, așa că a fost adoptată din nou o elice cotită de patru bărbați. Submarinul s-a scufundat fără pierderi de vieți omenești în largul Golfului Mobile în timp ce încerca să atace inamicul.,
Cel de-al treilea submarin al Confederației a fost H. L. Hunley, modificat de fier cazan prelungit între 36 și 40 de picioare. Tancurile de balast și un sistem de greutăți au scufundat ambarcațiunea; aceasta putea călători cu o viteză de patru mile pe oră, alimentată de opt bărbați care își ridicau elicea. Armamentul său consta dintr-o” torpilă”, umplută cu 90 de kilograme (40 de kilograme) de praf de pușcă, remorcată în spatele submarinului la capătul unei linii de 200 de picioare. Hunley trebuia să se scufunde sub o navă de război inamică și să tragă torpila împotriva corpului său., După un test de succes împotriva o barjă, în Hunley a fost mutat de cale ferată de la Charleston, S. C. Acolo nava a suferit mai multe dezastre, se scufunda de trei ori înec și un număr de membri ai echipajului, inclusiv Hunley el însuși. Echipat pentru a patra oară, Hunley a fost echipat cu o” torpilă ” la capătul unui spar lung, iar ambarcațiunea a făcut mai multe scufundări reușite. În noaptea de februarie. 17, 1864, submarinul a atacat nava de război a Uniunii Housatonic în portul Charleston., Detonarea torpilei a explodat revistele navei de război: Housatonic s-a scufundat în apă puțin adâncă cu pierderea a cinci bărbați, dar Hunley a fost distrus și de explozie, iar echipajul său a fost ucis.
Unul dintre cei mai îndrăzneți submarin inventatori de aceeași perioadă a fost Wilhelm Bauer, un subofițer de Bavarez de artilerie care a construit două bărci, Le Plongeur-Marin (1851) și Le Diable-Marin (1855). Prima barcă s-a scufundat în portul Kiel în februarie. 1, 1851, dar Bauer și cei doi asistenți ai săi au scăpat de la o adâncime de 60 de picioare după ce ambarcațiunea a fost pe fund timp de cinci ore., Cea de-a doua ambarcațiune, construită pentru guvernul rus, a avut succes și a făcut 134 de scufundări înainte de a fi pierdută pe mare. În septembrie 1856, în timpul încoronării țarului Alexandru al II-lea, Bauer și-a scufundat submarinul în portul Kronshtadt cu mai mulți muzicieni la bord. O interpretare subacvatică a imnului național rus a fost auzită în mod clar de către persoane din interiorul navelor din port.