Gnaeus Pompeius a fost fiul cel mare al Pompei cel Mare (Gnaeus Pompeius Magnus) de-a treia soție, Mucia Tertia. Atât el, cât și fratele său mai mic, Sextus Pompei, au crescut în umbra tatălui lor, unul dintre cei mai buni generali ai Romei și nu inițial un politician conservator care a plutit în derivă în fracțiunea mai tradițională când Iulius Cezar a devenit o amenințare. Când Cezar a traversat Rubiconul în 49 î. HR., începând astfel un război civil, Gnaeus și-a urmat tatăl în evadarea lor spre est, la fel ca majoritatea senatorilor conservatori., Armata lui Pompei a pierdut bătălia de la Pharsalus în 48 î. HR., iar Pompei însuși a trebuit să fugă pentru viața sa, doar pentru a fi ucis în Egipt la 29 septembrie în același an.după crimă, Gnaeus și fratele său Sextus s-au alăturat rezistenței împotriva lui Cezar în provincia Africa. Împreună cu Metellus Scipio, Cato cel Tânăr și alți senatori, s-au pregătit să se opună lui Cezar și armatei sale până la sfârșit. Caesar i-a învins pe Metellus Scipio și Cato, care s-au sinucis ulterior, în Bătălia de la Thapsus din 46 î.HR. Gnaeus a scăpat, de data aceasta în Insulele Baleare, unde sa alăturat lui Sextus., Împreună cu Titus Labienus, fost general în armata lui Cezar, frații Pompei au trecut în Hispania (Peninsula Iberică, cuprinzând Spania modernă și Portugalia), unde au ridicat încă o armată.Cezar a urmat curând și, la 17 Martie 45 î.HR., armatele s-au întâlnit în Bătălia de la Munda. Ambele armate erau mari și conduse de generali capabili. Lupta a fost strânsă, dar în cele din urmă o taxă de cavalerie a lui Cezar a transformat evenimentele de partea sa. În bătălia și evadarea panicată care a urmat, Titus Labienus și aproximativ 30.000 de oameni din partea pompei au murit., Gnaeus și Sextus au reușit să scape altă dată, dar suporterii au fost greu de găsit. Era clar că Cezar a câștigat războiul civil. În câteva săptămâni, Gnaeus Pompeius a fost încolțit și ucis de Lucius Caesennius Lento. Sextus Pompeius a reușit să păstreze un pas înaintea dușmanilor săi și a supraviețuit fratelui său încă un deceniu.