Termodynamika oddziaływań hydrofobowych
gdy hydrofob jest upuszczony w środowisku wodnym, wiązania wodorowe między cząsteczkami wody zostaną zerwane, aby zrobić miejsce dla hydrofobu; jednak cząsteczki wody nie reagują z hydrofobem. Uważa się to za reakcję endotermiczną, ponieważ po zerwaniu wiązań ciepło jest wprowadzane do układu., Cząsteczki wody, które są zniekształcone przez obecność hydrofobu, wytwarzają nowe wiązania wodorowe i tworzą wokół hydrofobu strukturę przypominającą lód, zwaną klatką klatową. Ta orientacja sprawia, że układ (hydrofob) jest bardziej uporządkowany ze zmniejszeniem całkowitej entropii układu; dlatego \ (\Delta S < 0\).,
zmiana entalpii (\( \Delta H \)) układu może być ujemna, zerowa lub dodatnia, ponieważ nowe wiązania wodorowe mogą częściowo, całkowicie lub nadmiernie kompensować wiązania wodorowe zerwane przez wejście hydrofobu. Zmiana entalpii jest jednak nieznaczna w określaniu spontaniczności reakcji (mieszania cząsteczek hydrofobowych i wody), ponieważ zmiana entropii (\(\Delta S \)) jest duża.
zgodnie ze wzorem energii Gibbsa
\