Ten murowany kościół w stylu gotyckim z wysoką wieżą zastąpił wcześniejszy kościół z 1872 r., mocno uszkodzony przez trzęsienie ziemi z 1886 r. Zbudowany w 1891 roku, zachował swój pierwotny ołtarz, poręcze komunijne, ławki i oprawy oświetleniowe. Sanktuarium jest jednym z niewielu niezmienionych wnętrz religijnych w Charleston, które pochodzą z okresu wiktoriańskiego. Dziś Emanuel jest najstarszym afrykańskim metodystycznym kościołem Episkopalnym na południu i mieści najstarszą czarną Kongregację na południe od Baltimore, MD.,
historia tego zgromadzenia odzwierciedla rozwój instytucji religijnych dla Afroamerykanów w Charleston. Jego korzenie wywodzą się z religijnej grupy wolnych czarnych i niewolników zorganizowanej w 1791 roku. W 1816 roku Czarni członkowie Metodystycznego Kościoła Episkopalnego Charleston wycofali się ze spornego cmentarza i pod przewodnictwem Morrisa Browna utworzyli oddzielną Kongregację. 1400 członków Kościoła wkrótce potem utworzyło Afrykański Metodystyczny Kościół episkopalny, denominację formalnie ustanowioną w tym samym roku w Filadelfii., Dwa lata później Brown i inni ministrowie kościoła zostali uwięzieni za naruszenie prawa stanowego i lokalnego, które zakazywało zgromadzeń religijnych niewolników i wolnych czarnych, niezależnych od białego nadzoru.