obawiając się, że obecność uzbrojonych żołnierzy w mieście doprowadzi do oskarżenia o przymus, Paweł postanowił odłożyć Sobór do czasu znalezienia innej lokalizacji. Vicenza zgodziła się na zorganizowanie soboru w maju 1538, A Paweł wezwał biskupów do miasta. Gdy przybyli nieliczni biskupi, papież po raz kolejny odroczył Sobór. Trzy lata później papież Paweł III i cesarz Karol V spotkali się we Włoszech, aby omówić Sobór, a cesarz zasugerował cesarskie miasto Trydent jako miejsce soboru., Papież zgodził się i wydał bullę wzywającą do zwołania soboru w Trydencie w listopadzie 1542. Jednak dalsze działania wojenne w Europie uniemożliwiły przybycie wystarczającej liczby biskupów i Sobór został ponownie zawieszony. Ostatecznie osiągnięto pokój i Sobór rozpoczął się 13 grudnia 1545.
Sobór Trydencki jest jednym z najważniejszych spotkań w historii Kościoła., Wezwany do zdefiniowania autentycznej doktryny katolickiej w odpowiedzi na rewolucję protestancką i zapoczątkowania okresu autentycznej reformy, sesje rady trwałyby osiemnaście lat (z powodu dwóch długich zawieszeń). Jednak rzeczywista praca soboru trwała cztery i pół roku, obejmując trzech pontyfikatów. Rada wydała więcej dekretów i kanonów objętościowych niż całe prawodawstwo z poprzednich osiemnastu soborów.
pierwsze spotkanie miało miejsce w latach 1545-1547 i skupiało się głównie na ustaleniu procedur wykorzystywanych do prowadzenia spraw soborowych., Wydał również dekrety dotyczące Pisma Świętego i świętej tradycji, kanonu Pisma Świętego (siedemdziesiąt trzy księgi zawarte w Wulgacie), grzechu pierworodnego i usprawiedliwienia. Biskupi odrzucili kluczową protestancką doktrynę usprawiedliwienia „samej wiary”, głosząc, że wierze musi towarzyszyć nadzieja i miłość, a w życiu ilustrować się dobrymi uczynkami. Sobór rozpoczął także doktrynalny przegląd sakramentów oraz zdefiniował Chrzest i bierzmowanie. Dekrety reformacyjne zakazywały absencji (biskupów nie zamieszkujących w swojej diecezji) i pluralizmu (jeden człowiek jako biskup wielu diecezji)., Niestety, wielka praca rozpoczęta przez Sobór została zawieszona, gdy wojska papieskie maszerujące przez Trydent przyniosły tyfus, pozostawiając kilku biskupów chorych, a nawet zabijając jednego. Ojcowie soborowi głosowali za przeniesieniem posiedzenia do Bolonii i ponownym zebraniem się w ciągu czterdziestu dni, ale proponowana zmiana lokalizacji tak rozgniewała Karola V, że Paweł III zawiesił Sobór na kolejne cztery lata.
Po ponownym zwołaniu soboru papież Juliusz III (R. 1550-1555), który był starszym legatem papieskim na pierwszym posiedzeniu Trydenckim, zastąpił Pawła III. , Na tym drugim spotkaniu biskupi potwierdzili Katolickie nauczanie o Eucharystii, w szczególności doktrynę przeistoczenia, a także sakramenty pokuty i namaszczenia (namaszczenia chorych). Kolejne zawieszenie konsystorza nastąpiło w 1552 roku, kiedy armia protestancka zdobyła Innsbruck, zaledwie 110 mil od Trydentu, a papież Juliusz obawiał się ataku na zgromadzonych biskupów. Przed wznowieniem prac Rady minęła Cała dekada.
w dwudziestoleciu międzywojennym zmarł papież Juliusz III, a jego następcą został Giovanni Angelo Medici, który przyjął imię Pius IV (R. 1559-1565)., Zaangażowani w reformę, Pius IV wezwał światowych biskupów, aby zebrali się ponownie w Trydencie na trzecim posiedzeniu soboru. Spotkanie to było najbardziej produktywne i dobrze uczestniczyło w nim ponad 250 biskupów. Ojcowie soborowi uchwalali dekrety dotyczące hierarchicznej struktury Kościoła, życia zakonnego, Czyśćca, czci relikwii, wstawiennictwa świętych i odpustów. Rada skupiła się również na szkoleniu i formacji duchowieństwa, nakazując ustanowienie „seminarium” w każdej diecezji w całym Kościele., Nadużywanie kar duchowych, takich jak ekskomunika i interdykt, w celach politycznych było traktowane jako przypomnienie biskupom, aby stosowali te kary oszczędnie i we właściwym celu.
Sobór wymagał od biskupów, aby żyli w swojej diecezji i nie byli nieobecni dłużej niż trzy miesiące i nigdy w okresie Adwentu i Wielkiego Postu. Biskupi byli zachęcani do odwiedzania wszystkich parafii w diecezji przynajmniej raz w roku i do głoszenia kazań w każdą niedzielę. Wyjątkową posługę papiestwa rzymskiego podkreślano w odpowiedzi na protestanckie ataki przeciwko papiestwu., Aby ożywić duchowość katolicką, ojcowie soborowi zażądali rewizji i opublikowania Mszału Rzymskiego i brewiarza (Urzędu Bożego). Ojcowie soborowi domagali się także stworzenia powszechnego Katechizmu, który mógłby służyć nauczaniu wiary w celu zwalczania błędów protestantyzmu.
Po trzech spotkaniach w ciągu osiemnastu lat Papież Pius IV zamknął Sobór 4 grudnia 1563 i ogłosił jego dekrety. Sobór Trydencki zasadniczo zmienił Kościół katolicki, który stał się bardziej żywy, oddany i skoncentrowany na ewangelizacji., Według słów francuskiego historyka Henri Daniel-Rops: „w 1563 r. zaistniał Nowy Kościół katolicki, bardziej pewny swojego dogmatu, bardziej godny rządzenia duszami, bardziej świadomy swojej funkcji i obowiązków.”