Gnaeus Pompeius był starszym synem Pompejusza Wielkiego (Gnaeus Pompeius Magnus) i jego trzeciej żony, Mucii Tertii. Zarówno on, jak i jego młodszy brat Sekstus Pompejusz dorastali w cieniu ich ojca, jednego z najlepszych generałów Rzymu, a nie pierwotnie konserwatywnego polityka, który dryfował do bardziej tradycyjnej frakcji, gdy Juliusz Cezar stał się zagrożeniem. Gdy Cezar przekroczył Rubikon w 49 PP.n. e., rozpoczynając w ten sposób wojnę domową, Gnejusz poszedł za ojcem w ich ucieczce na wschód, podobnie jak większość konserwatywnych senatorów., Armia Pompejusza przegrała bitwę pod Pharsalus w 48 R. p. n. e., a sam Pompejusz musiał uciekać, by zostać zamordowany w Egipcie 29 września tego samego roku.
po morderstwie Gnejusz i jego brat Sekstus przyłączyli się do ruchu oporu przeciwko Cezarowi w prowincji Afryka. Razem z Metellusem Scypionem, katem młodszym i innymi senatorami przygotowywali się do walki z Cezarem i jego armią do końca. Cezar pokonał Metellusa Scypiona i Katona, którzy następnie popełnili samobójstwo w bitwie pod Thapsus w 46 PP.n. e. Gnaeus uciekł, tym razem na Baleary, gdzie dołączył do Sekstusa., Razem z Tytusem Labienusem, byłym generałem armii Cezara, Bracia Pompejusz przeszli do Hispanii (Półwyspu Iberyjskiego, obejmującego współczesną Hiszpanię i Portugalię), gdzie zebrali kolejną armię.
Cezar wkrótce podążył za nim i 17 marca 45 R. p. n. e.wojska spotkały się w bitwie pod Mundą. Obie armie były duże i dowodzone przez Zdolnych generałów. Bitwa była zacięta, ale ostatecznie szarża kawalerii Cezara odwróciła wydarzenia na jego stronę. W bitwie i panicznej ucieczce, która nastąpiła, zginął Tytus Labienus i około 30 000 ludzi po stronie Pompejańskiej., Gnejuszowi i Sekstusowi udało się uciec innym razem, ale trudno było znaleźć zwolenników. Było już jasne, że Cezar wygrał wojnę domową. W ciągu kilku tygodni Gnejusz Pompejusz został osaczony i zabity przez Lucjusza Cezenniusza Lento. Sekstus Pompejusz był w stanie utrzymać się o krok przed wrogami i przeżył brata przez kolejną dekadę.