Muzeum poszerzyło przestrzeń wystawową i programową, dodając centrum multimedialne, zewnętrzne centrum środowiskowe i centrum wczesnego dzieciństwa. Wystawa World of Pooh, stworzona dzięki współpracy z Disneyem, zyskała coraz większą widoczność i publiczność. Wordplay, pierwsza wystawa zaprojektowana specjalnie dla dzieci 4 i młodsze otwarte. Dyrektor Wykonawczy CMOM, Andy Ackerman, pełnił funkcję prezesa Stowarzyszenia Muzeum Dziecięcego i był gospodarzem dorocznej konferencji ACM w 1999 roku., W 2000 roku ccom zakończył budowę, aby dodać nowe wejście, hol i uzupełnienie powierzchni wystawowej.
w 2005 roku wśród 406 nowojorskich instytucji artystycznych i społecznych otrzymała część dotacji w wysokości 20 milionów dolarów od Carnegie Corporation, co było możliwe dzięki darowiźnie burmistrza Nowego Jorku Michaela Bloomberga.,
Central Park West buildingEdit
w styczniu 2018 roku Muzeum ogłosiło, że nabyło dawny First Church of Christ, budynek przy 96th Street i Central Park West, i planuje przenieść się do nowego obiektu po przeprowadzeniu remontu. Muzeum ma nadzieję wprowadzić się do nowego budynku w 2023 roku, który będzie miał 41,300 stóp kwadratowych dla galerii i wystaw.