Cousteau ist der Sohn von Jacques-Yves Cousteau and Simone Melchior. Cousteau tauchte erstmals 1945 mit einer Aqua-Lung, als er 7 Jahre alt war. Obwohl er zur Schule ging, um Architektur zu studieren, trat er der Cousteau Society seines Vaters bei und diente zwanzig Jahre lang als Executive Vice President, bevor er sich 1993 selbstständig machte, um Umweltfilme zu produzieren. Cousteau und sein Vater waren sich über das Management und die Politik der Gesellschaft nicht einig.,
Nachdem Cousteau ein Resort auf einer Fidschi-Insel mit dem Familiennamen eröffnet hatte, reichte Jacques-Yves Cousteau 1996 eine Klage gegen ihn ein. Im Juni 1996 unterzeichnete ein Gericht eine einstweilige Verfügung, die ihn aufforderte, dem Hotel seinen Vornamen mit gleicher Prominenz hinzuzufügen. Jean-Michel gründete dann 1999 die Ocean Futures Society, eine Meeresschutz-und Bildungsorganisation., Im Jahr 2003 arbeiteten Francesca Sorrenti und Marisha Shibuya vom SKe GROUP Project in Zusammenarbeit mit der Ocean Futures Society von Jean-Michel Cousteau zusammen, um Water Culture zu produzieren, eine Publikation über wasserbezogene Bilder und Interviews mit prominenten Persönlichkeiten der Welt zu den Problemen unserer Wasserversorgung. Cousteau ist auch Vorsitzender von Green Cross France. Cousteau setzt sich für eine atomwaffenfreie Welt ein und ist Mitglied des Beirats der Nuclear Age Peace Foundation.,
Cousteau arbeitet an einem Dokumentarfilm, der die epische und katastrophale Ölpest im Golf von 2010 hervorhebt, bei der 11 Arbeiter bei einer Explosion einer Tiefwasseranlage 80 km vor der Küste von Louisiana, USA, getötet wurden.
2012 veröffentlichte er das Buch Mein Vater, der Kapitän: Mein Leben mit Jacques Cousteau.
Jean-Michel Cousteau ist Präsident von Green Cross France & Territoires, einer NGO, die Schlüssel für Maßnahmen für eine bessere Umwelt für eine unbelastete Zukunft vorschlägt.,
Filmproduktion und Auftrittedit
Er hat über 70 Filme produziert. Er erscheint im IMAX-Dokumentarfilm Coral Reef Adventure von 2003.
Er erschien auf einer dokumentarischen Besonderheit, Case of the Sponge „Bob“, auf der DVD-Version des SpongeBob SquarePants-Films (2004), in dem er und Stephen Hillenburg über alle realen Gegenstücke zu den Meerestieren sprechen, die in der Zeichentrickserie und im Film zu sehen sind. Er machte ein ähnliches Feature für die DVD des Disney/Pixar-Films Finding Nemo: Exploring the Reef mit Jean-Michel Cousteau., In Disneys DVD-Veröffentlichung von Finding Nemo tritt Cousteau auf, interagiert mit den Charakteren aus dem Film Marlin, Nemo und Dory und wirbt für eine bessere Verschmutzungskontrolle und zeigt Videos von verschmutzten Korallenriffen.
Jean-Michel Cousteau drehte 2006 eine neue Dokumentarserie Ocean Adventures. Cousteaus Ocean Futures Society, KQED und PBS setzen die Produktion der Ocean Adventures-Serie für 2007 und 2008 fort. Im Oktober 2006 begannen Jean-Michel Cousteau und ein Expeditionsteam, zu dem sein Sohn Fabien und seine Tochter Céline gehören, mit den Dreharbeiten entlang des Amazonas., Vor zwanzig Jahren sagten Wissenschaftler hier Verwüstung und irreversible Umweltschäden voraus, und vor 25 Jahren reisten Jean-Michel Cousteau und sein legendärer Vater mit ihren Teams über den gesamten Amazonas, um zu dokumentieren, zu lernen und selbst zu sehen.
Im Jahr 2006 inspirierte Cousteaus Dokumentarfilm Voyage to Kure den damaligen US-Präsidenten George W. Bush zum Schutz des Papahānaumokuākea Marine National Monument und machte es mit seinen 360.000 Quadratkilometern zu einem der größten Meeresschutzgebiete der Welt.