Gnaeus Pompeius volt a nagy Pompeius (Gnaeus Pompeius Magnus) idősebb fia, harmadik felesége, Mucia Tertia. Mind ő, mind öccse, Sextus Pompey apja árnyékában nőtt fel, Róma egyik legjobb tábornoka, nem pedig eredetileg konzervatív politikus, aki a hagyományosabb frakcióba sodródott, amikor Julius Caesar fenyegetéssé vált. Amikor Caesar i.e. 49-ben átlépte a Rubicont, így polgárháborút indított, Gnaeus követte apját keleti menekülésükben, mint a konzervatív szenátorok többsége., Pompeius hadserege I.E. 48-ban elvesztette a Pharsalusi csatát, és Pompeiusnak magának kellett menekülnie az életéért, csak azért, hogy ugyanezen év szeptember 29-én meggyilkolják Egyiptomban.
a gyilkosság után Gnaeus és testvére, Sextus csatlakozott az afrikai tartománybeli Caesar elleni ellenálláshoz. Metellus Scipióval, a fiatalabb Catóval és más szenátorokkal együtt a végsőkig ellenálltak Caesarnak és seregének. Caesar legyőzte Metellus Scipiót és Catót, akik később öngyilkosságot követtek el a Thapsusi csatában I.E. 46-ban. Gnaeus megszökött, ezúttal a Baleár-szigetekre, ahol csatlakozott Sextushoz., Titus Labienusszal, Caesar hadseregének korábbi tábornokával együtt a Pompeius testvérek átkeltek Hispániába (az Ibériai-félszigetre, amely a modern Spanyolországot és Portugáliát foglalja magában), ahol újabb hadsereget emeltek.
Caesar hamarosan követte, és I. E. 45. március 17-én a Seregek találkoztak a mundai csatában. Mindkét hadsereg nagy volt, képes tábornokok vezetésével. A csatát szorosan harcolták, de végül Caesar lovassági vádja az eseményeket az oldalára fordította. A csatában és az azt követő pánikba esett menekülésben Titus Labienus és a Pompeji oldalon mintegy 30 000 ember vesztette életét., Gnaeus és Sextus egy másik alkalommal sikerült elmenekülniük, de a támogatókat nehéz volt megtalálni. Ekkor már egyértelmű volt, hogy Caesar megnyerte a polgárháborút. Néhány héten belül Gnaeus Pompeiust sarokba szorította és megölte Lucius Caesennius Lento. Sextus Pompeius képes volt egy lépéssel az ellenségei előtt tartani, és még egy évtizedig túlélte testvérét.