1996-ban Borgnine szerepelt a televíziós fantasy/thriller filmben, a Merlin misztikus Csodák boltjában (részben az 1984-es horror filmből adaptálva az ördög ajándéka). Mint narrátor és mesemondó, Borgnine elmeséli egy sor kapcsolódó természetfeletti mesék, a mai mesék különösen középpontjában egy elvarázsolt és rosszindulatú cintányér-döngeti majom játék lopott a varázsló Merlin. A film később szerepelt a parodikus televíziós sorozat Mystery Science Theatre 3000, és azóta szerzett kiemelkedő kultusz következő., Szintén 1996-ban, Borgnine turnézott az Egyesült Államokban egy buszon, hogy megfeleljen a rajongók, hogy az ország. Az utazás egy 1997-es dokumentumfilm tárgya volt, Ernest Borgnine a buszon. Ő is szolgált egy év, mint az elnök a Nemzeti tisztelgés kórházba veteránok, látogató betegek számos Department of Veterans Affairs medical centers.
1997-ben Borgnine megjelent a McHale ‘ s Navy nagyképernyős adaptációs vígjátékban, ahol Quinton McHale ellentengernagyot játszotta, aki szintén Tom Arnold karakterének, Quinton McHale Jr.,
1999-től 2011-ig: Utolsó munkákszerkesztés
1999-től kezdve Borgnine a Spongyabob Kockanadrág animált sitcomjának adta a hangját, mint az idős szuperhős sellő ember (ahol a McHale haditengerészet Társsztárjával, Tim Conway-vel párosították, mint a sellő ember sidekick Barnacle fiújának hangját). Kifejezte szeretetét erre a szerepre, nem kis részben a gyermekek népszerűsége miatt. Halála után Nickelodeon újra sugárzott az összes epizód, amelyben Mermaid Man megjelent memoriam., Borgnine is megjelent, mint maga a Simpsons epizód “Boy-Scoutz ‘ N The Hood”, amellett, hogy számos televíziós reklámok. 2000-ben a Hoover executive producere volt, amelyben ő volt az egyetlen elismert színész.
2007-ben Borgnine szerepelt a fémjelzi eredeti film a nagyapa karácsonyra. Olyan embert játszott, aki, miután elhidegült lánya autóbaleset miatt kórházba kerül, rájön, hogy van egy unokája, akiről soha nem tudott. A lány az ő gondjaira van bízva, és hamarosan nagy barátok lesznek., Borgnine Golden Globe-jelölést kapott a legjobb Színészért egy Mini-sorozatban vagy a televízióhoz készített mozgóképben. Nál nél 90, ő volt a legrégebbi Golden Globe jelölt valaha.
Borgnine önéletrajzát a Citadel Press adta ki 2008 júliusában. Ernie laza, társalgási emlék a színészi karrierjének kiemelkedő eseményeiről és a személyes életéből származó figyelemre méltó eseményekről.
2009.április 2-án megjelent az ER régóta futó orvosi sorozat utolsó epizódjában. Szerepe egy férjé volt, akinek hosszú házassága felesége halálával zárult le., Az utolsó jelenetében, a karakter egy kórházi ágyban fekszik az éppen elhunyt felesége mellett. Előadása Emmy-jelölést kapott egy drámasorozat kiemelkedő Vendégszereplőjének, harmadik jelölését és 29 évének első jelölését (mióta egy korlátozott sorozatban kiemelkedő támogató színésznek vagy 1980-ban egy különlegesnek jelölték az All Quiet on the Western frontra).
2009-ben, 92 éves korában Frank-ként szerepelt, az Another Harvest Moon főszereplőjeként, Greg Swartz rendezésében, valamint Piper Laurie és Anne Meara főszereplésével., 2010. október 2-án Borgnine a Saturday Night Live-ban Morgan Freemannel együtt megjelent egy vázlatban. 2010.október 15-én vörösben jelent meg, amelyet abban az évben korábban forgattak. 2011 végén Borgnine befejezte az utolsó filmjét, Rex Page-t játszotta a Vicente Fernandez kezét megrázó emberben.