Gnaeus Pompeius war der ältere Sohn von Pompeius dem Großen (Gnaeus Pompeius Magnus) von seiner dritten Frau, Mucia Tertia. Sowohl er als auch sein jüngerer Bruder Sextus Pompey wuchsen im Schatten ihres Vaters auf, einer der besten Generäle Roms und ursprünglich kein konservativer Politiker, der zur traditionelleren Fraktion driftete, als Julius Caesar eine Bedrohung wurde. Als Caesar 49 v. Chr. den Rubikon überquerte und damit einen Bürgerkrieg auslöste, folgte Gnaeus seinem Vater auf dessen Flucht nach Osten, ebenso wie die meisten konservativen Senatoren., Pompejis Armee verlor die Schlacht von Pharsalus in 48 BC, und Pompey selbst musste um sein Leben rennen, nur um am 29 September desselben Jahres in Ägypten ermordet zu werden.
Nach dem Mord schlossen sich Gnaeus und sein Bruder Sextus dem Widerstand gegen Caesar in der afrikanischen Provinz an. Zusammen mit Metellus Scipio, Cato dem Jüngeren und anderen Senatoren bereiteten sie sich vor, sich Caesar und seiner Armee bis zum Ende zu widersetzen. Caesar besiegte Metellus Scipio und Cato, die später Selbstmord begingen, in der Schlacht von Thapsus in 46 BC. Gnaeus entkam, diesmal auf die Balearen, wo er sich Sextus anschloss., Zusammen mit Titus Labienus, dem ehemaligen General in Caesars Armee, zogen die Brüder Pompeius nach Hispania (die Iberische Halbinsel, bestehend aus dem modernen Spanien und Portugal), wo sie eine weitere Armee aufzogen.
bald folgte Caesar und am 17. März 45 v. Chr. trafen sich die Armeen in der Schlacht von Munda. Beide Armeen waren groß und wurden von fähigen Generälen angeführt. Die Schlacht wurde eng bekämpft, aber schließlich wandte sich eine Kavallerieladung von Caesar an seine Seite. In der Schlacht und der anschließenden panischen Flucht starben Titus Labienus und schätzungsweise 30.000 Männer der pompejischen Seite., Gnaeus und Sextus gelang es, ein anderes Mal zu entkommen, aber Unterstützer waren schwer zu finden. Es war inzwischen klar, dass Caesar den Bürgerkrieg gewonnen hatte. Innerhalb weniger Wochen wurde Gnaeus Pompeius von Lucius Caesennius Lento in die Enge getrieben und getötet. Sextus Pompeius konnte seinen Feinden einen Schritt voraus sein und überlebte seinen Bruder für ein weiteres Jahrzehnt.