Notes pour le Réductionnisme en Biologie
1. James Griesemer (2000, 2002, 2011) soutient que les scientifiques déploient une utilisation euriste de la réduction dans les tentatives de relier différentes théories et modèles les uns aux autres. Bien que ce compte soit clairementméthodologique, il ne se concentre pas sur la façon dont les scientifiques découvrent les mécanismes moléculaires ou développent des explications réductrices des entiers en termes departies. Ainsi, il est distinct du sens méthodologiqueréductionnisme utilisé ici.
2., La question de la réduction a joué un rôle important dans la philosophie de l’esprit et la philosophie des sciences sociales. Dans le premier cas, une question centraleest de savoir si et dans quel sens les phénomènes mentaux peuvent être réduits àphénomènes physiques. Les philosophes de l’esprit ont développé des comptes sophistiqués qui se concentrent sur la réduction ontologique et la Constitution méréologique (p. ex., la supervenience; voir Kim 1998, 2005)., En philosophie des sciences sociales, les questions clés comprennent si les phénomènes sociaux peuvent être expliqués uniquement en termes d’interactions des individus, si les différents domaines des sciences sociales peuvent être réduits à l’économie et si les sciences sociales en tant que domaine peuvent être réduites à une ou plusieurs des sciences naturelles (Kincaid1997). Peu importe si la réduction est considérée dans le cadre de la philosophie de la biologie, de l’esprit ou des sciences sociales, des idées et des arguments similaires ont été utilisés dans ces différents domaines (par exemple, la réalisation multiple; voir Section 4.2).
3., « Imaginons maintenant, si vous le souhaitez, qu’un petit ver vit dansle sang, dont la vue est assez vive pour distinguer les particules de sang, de lymphe, etc., et sa raison d’observer comment chaque partie surcollision avec un autre soit rebondit, soit communique une partie de son propre mouvement,etc. Ce ver vivrait dans ce sang comme nous vivons dans cette partie de l’univers, et il considérerait chaque particule de sang comme un tout, et non une partie., Et il ne pouvait pas savoir comment toutes les parties sont contrôlées par la nature universelle du sang, et sont obligées, comme la nature universelle du sang exige, de s’adapter à un autre, afin de s’harmoniser les uns avec les autres d’une certaine manière., Car si nous imaginons qu’il n’y a pas de causes en dehors du sang pour communiquer de nouveaux mouvements au sang, et qu’en dehors du sang il n’y a pas d’espace, et aucun autre corps, auquel les particules de sang pourraient transférer leur mouvement, il est certain que le sang resterait toujours dans son état, et ses particules ne subiraient aucun changement autre que ceux qui peuvent être conçus à partir de la relation donnée de la circulation du sang à la lymphe et au chyle, etc., et ainsi le sang serait toujours considéré comme un tout et non une partie., Mais, comme il y a beaucoup d’autres causes qui,d’une certaine manière, contrôlent la nature du sang, et sont à leur tour contrôlées par le sang, il en résulte que d’autres mouvements et d’autres changements ont lieu dans le sang, qui résultent non seulement de la simple relation du mouvement de ses parties les unes aux autres, mais de la relation du mouvement du sang et aussi des causes extérieures les unes aux autres: de cette façon, le sang a le caractère d’une partie et non d’un tout.,all tous les corps de la nature peuvent et doivent être conçus de la même manière que nous avons conçu ici le sang » (Spinoza toOldenburg, lettre 32; Wolf 1966, 210-211).
4., « Or, il est vrai que les éléments ultimes de la matière organisée sont précisément ceux qui entrent dans la composition des substances non organisées: mais par le fonctionnement d’un pouvoir, distinct de la gravitation, de l’attraction moléculaire, ou de l’un des agents impondérables connus qui opèrent sur des substances non organisées, ces éléments supposent des combinaisons d’un caractère essentiellement différent de ceux qui sont le résultat d’affinités chimiques ordinaires” (Owen, HunterianLectures in Sloan 1992, 209).
5., La séparation au milieu du XXe siècle des discussions sur les relations entre les domaines de la science (réduction de la théorie Nagélienne) et les relations entre les parties et les entiers en biologie (réduction explicative) est concrètement visible dans la philosophie de la science biologique de David Hull (1974). Le chapitre 1 est une discussion à juste titre célèbre concernant les difficultés d’effectuer une réduction théorique entre la génétique classique et moléculaire, mais le chapitre 5, »organicisme et réductionnisme”, a été relativement négligé., Il comprend un ensemble très différent de thèmes, y compris le vitalisme, l’organisation biologique et la complexité, et les relationsentre parties et ensembles dans les systèmes vivants.
6. L’argument de Rosenberg contient plusieurs prémisses controversées,telles que la nécessité de lois strictes en matière d’explication biologique et la distinction entre biologie moléculaire et biologie fonctionnelle (pour les critiques, voir Kaiser 2015, chap. 4-5, amour 2007, amour et coll. 2008). L’interaction de la sélection naturelle et de la biologie moléculaire dans le contexte du réductionnisme explicatif a été explorée par Sarkar (2005 )avec beaucoup moins d’optimisme.
7., Par exemple, « le contexte cellulaire est important pour déchiffrer comment le FEM interagit avec le EGFR . D’un point de vue général, la prudence est recommandée lorsqueagénéraliser les résultats de l’interaction ligand-récepteur sur plusieurs lignées cellulaires” (Björkelund et al. 2011, 1). En outre, »les Agents se liant à l’enzyme catalysant la réaction peuvent influer sur cette constante de Michaelis All tous les composants d’une même cellule vivante peuvent affecter le rôle que l’enzyme joue dans le comportement de la cellule, y compris les composants qui ne sont pas encore connus”(Westerhoff et Kell 2007, 37-38).
8., Dans le débat sur les relations entre classique et moléculaireargénétique, Philip Gasper (1992) dubs this « multiplesupervenience” afin de l’opposer à la multiplerealization. Une autre façon de faire un point similaire est que les entités et les processus biologiques (y compris les processus moléculaires) possèdent souvent leurs propriétés causales de manière extrinsèque (c’est-à-dire en raison de caractéristiques externes au porteur de la propriété). Par exemple, le segment aparticulaire de l’ADN est un gène en raison de sa capacité àcode pour un produit fonctionnel, qui dépend à la fois des éléments de L’ADN externe à ce gène et des facteurs non génétiques., Par conséquent, être un geneest une propriété d’un segment D’ADN, mais extrinsèque.
9. La dérivation exigée par la théorie de la réduction pour la biologie moléculaire exige que les prémisses contiennent une spécification purement moléculaire du contexte total. Bien que Nagel et Schaffner aient expliqué le mouvement de la réduction théorique, ils n’ont pas montré comment effectuer la déduction moléculaire., Même la défense la plus détaillée de la réduction de Schaffner (Schaffner 1993) se concentre sur la condition de connectabilité,donnant un compte rendu partiel de la façon de relier le prédicat »dominance” utilisé en génétique classique aux expressions frombiochemistry. Cependant, il ne donne pas un seul exemple d’un énoncé de niveau supérieur pouvant être déduit d’une théorie de niveau inférieur;et la réduction de la théorie exige que la condition de durabilité soit remplie., Le débat sur le modèle de Schaffner s’est concentré principalement sur la condition de la connectabilité, en particulier si une caractérisation moléculaire de la notion de genre classique est possible. Pourtant, comme Hull (1974) l’a clairement indiqué, un critique de la théorie de la réduction n’a besoin que d’un argument contre la connectabilité comme condition nécessaire à la réduction, tandis qu’un réductionniste doit défendre la dérivabilité au-delà de la connectabilité.
10. L’une des réponses de Schaffner à Hull concernant l’objectif unique est que le contexte moléculaire d’un mécanisme peut être inclus dans les prémisses dans la mesure où cela compte., Wimsatt (1976a) souligne à juste titre que souligner l’inclusion du contexte reposera toujours sur la façon dont les mécanismes sont individualisés (Hüttemann et Love 2011; Voir Section 4.3). La décision de Schaffner d’inclure le contexte total implique que toutes les deux situations possibles auront des configurations moléculaires globales distinctes, mais d’autres considèrent cela comme le même mécanisme dans des contextes indifférents. La généralité nécessite de traiter des parties de configurations moléculaires différentesparticulaires comme instanciant le même type de mécanisme., Une conséquence de ce besoin de généralité est que le mêmetype de mécanisme peut se produire dans différents contextes, éventuellement avec un effet différent. Ce sens des relations un–plusieurs entre les types moléculaires et de niveau supérieur n’exclut pas nécessairement certains types de réduction, mais les explications en biologie moléculaire doivent être sensibles aux problèmes épistémiques associés.
11. Les lois de niveau supérieur peuvent avoir des exceptions: par exemple, ifMd, l’un des types moléculaires realizingS, ne provoque aucun des realizersN1,…, Nj ofT., Waters (1990) a soutenu que l’explication d’une telle exceptionexige un appel au détail au niveau moléculaire et constitue donc une forme de réductionnisme. Cela contraste avec Fodor (1974) qui a soutenu queune approche réductionniste encourage l’élimination de la généralité de niveau supérieur en faveur de lois de niveau inférieur sans exception. Mais les scientifiques acceptent souvent les lois de niveau supérieur malgré les exceptions qui nécessitent un appel au niveau moléculaire précisément parce qu’elles visent à répondre à la fois aux situations de niveau supérieur et inférieur.
12., Les notions de réalisation multiple et de survenance étaient originalementdéveloppé en philosophie de l’esprit dans le cadre d’un physicalisme non réducteur sur les phénomènes mentaux. La question de savoir si ces concepts offrent un compte adéquat de la relation entre les phénomènes mentaux et physiques a été posée (Kim 1992, 1998). Le statut de la réalisation multiple dans la philosophie est actuellement un sujet de débat et peut dépendre de certains engagements métaphysiques sur le concept de réalisation (Gillett2002, 2003, 2010)., La « réalisation » revêt différents rôlesdans les discussions scientifiques et philosophiques (Wilson et Craver 2007)et la signification de ces différences n’a pas encore été analysée pour les situations de réalisation multiple fréquemment discutées dansphilosophie de la biologie (mais voir Gillett 2016). Les exemples biologiques utilisés dans ces discussions philosophiques, tels que les yeux, n’ont souvent pas été traités avec suffisamment de soin et de précision (Couch 2005, 2009).
13. « Sur plus de 1 million d’espèces animales, la biologie moderne du développement s’est concentrée sur un très petit nombre d’organismes souvent décrits comme modèles.,’ C’est parce que la motivation de leur étude n’est pas simplement de comprendre comment cet animal particulier se développe, mais de l’utiliser comme un exemple de comment tous les animaux se développent” (Slack 2006, 61).
14. Une objection moins courante concerne la question de savoir si les domaines liés de manière réductrice sont réellement distincts. Par exemple, Russell Vance (1996) a soutenu contre la prémisse que la génétique classique et la génétique moléculaire sont des domaines ou des théories distincts (par exemple, »la génétique est le domaine de la science biologique qui semble le plusmédiatement adapté à la conception du philosophe de la réduction scientifique., La raison principale en est qu’en génétiqueil y a deux théories clairement identifiables, des corps de loi,des expressions de régularité – un Moléculaire et unnonmoléculaire” ). Bien que cela sape les tentatives mondiales de relier de manière réductrice la génétique classique et la Génétique Moléculaire, et module la façon de comprendre lesréductions explicatives locales, son impact plus général peut être compris comme une mise en garde contre la présomption que deux domaines de la biologie sont distincts en pratique ou distinguables en principe (comme cela est souvent fait dans la théorie de la réduction)., On ne peut pas simplement supposer qu’une individuation des unités épistémiques soit liée de manière réductrice.
15. Par exemple, certaines explications en biologie du développement semblent être basées sur des représentations temporelles qui ne sont pas liées à l’organisation temporelle des mécanismes (p. ex., les stades normaux). Si tel est le cas, la question de la temporalité dans les explications ne peut être réduite à la question de la temporalité dans un mécanisme. De plus, le changement qualitatif dans l’ontogenèse, où de nouvelles structures émergent à partir de précurseurs distinctifs du développement, ne semble pas directement adapté à une approche de mécanismes., Le” mécanisme » a également été proposé par ceux qui discutent du réductionnisme dans le contexte de la biologie évolutive (Brandon, 1996).
16. Par exemple: « le cœur fournit un excellent exemple à la fois des énormes avancées qui ont été faites en utilisant l’approche réductrice et de ces limites importantes de cette approche” (Noble 1998, 56); « nos résultats suggèrent que les réponses cellulaires induites par les inhibiteurs de la multiplexprotéine kinase peuvent être une propriété émergente qui ne peut pas être entièrement comprise en,(Goldenfeld et Woese 2007, 369);” comprendre la dynamique de la transmission des maladies infectieuses est une approche holistique, mais les modèles d’aujourd’hui ignorent largement comment les épidémies modifient les comportements individuels »(Ferguson 2007, 733);” le comportement collectif de la matière peut donner lieu à des propriétés émergentes surprenantes qui laissent entrevoir le lien entre biologie et physique »(Coleman 2007, 379);” après plusieurs décennies s’orienter vers l’étude de la biologie complexe avec une litanie de techniques nouvelles et anciennes « (Hogenesch et Ueda 2011, 407)., Noble (2006)représente un traitement de longueur de livre dans cette veine.
17. « La formalisation de la supervénience employée ici est l’application de celle due à Jaegwon Kim » (Rosenberg 1978, 373).Se référant à L’article de Kim « NomologicalIncommensurables « (lu au colloque D’Oberlin en 1977),Rosenberg poursuit dans une note de bas de page: « mes dettes envers cet article ne se limitent en aucun cas à son compte de supervenience., En fait, la perspective globale adoptée ici en ce qui concerne la relation entre les histoires impliquées dans la réduction, et l’incidence du déterminisme causal et météorologique sur cette relation sont inspirées par cet article…. Le lecteur est renvoyé à L’article de Kim pour un compte rendu complet de la supervénience et de son rôle dans l’éthique, l’esthétique et la philosophie de l’esprit en général.”