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Les Patients atteints de PS2 présentent un crâne à feuilles de trèfle (déformation du crâne Trilobé) qui peut provoquer une croissance cérébrale limitée et un dysfonctionnement neurologique associé ainsi qu’un compromis important des voies respiratoires supérieures. La deuxième caractéristique principale est un large pouce médialement dévié et des hallucinations et une brachydactylie et une syndactylie variables, ainsi qu’une ankylose du coude ou du genou. Les manifestations neurologiques telles que l’hydrocéphalie et les convulsions sont une source majeure de morbidité. Les retards de développement et intellectuels sont courants., La proptose extrême associée à la déformation du trèfle provoque une kératopathie d’exposition. Les autres signes oculaires comprennent l’atrophie optique, le ptosis, le strabisme, le colobome de l’iris, les erreurs de réfraction, les cataractes et l’amblyopie. Des anomalies des voies respiratoires telles qu’une fente palatine, une sténose choanale ou une atrésie et des malformations laryngotrachéales peuvent également être présentes. L’obstruction des voies respiratoires qui en résulte et l’apnée obstructive du sommeil sont une source importante de morbidité., Des Patients présentant une hernie cérébrale ou cérébelleuse, une malrotation intestinale, une malposition de l’anus, une hydronéphrose, un scrotum bifide et une vésicule biliaire hypoplasique ont également été signalés. Compte tenu de la gravité des manifestations de la maladie et des complications associées, le pronostic de ce type de PS est médiocre, avec un risque élevé de disparition précoce, bien que le potentiel de survie à long terme puisse être augmenté par un traitement précoce agressif. Les Causes de décès sont principalement des complications respiratoires et neurologiques.

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