Gnaeus Pompeius était le fils aîné de Pompée le Grand (Gnaeus Pompeius Magnus) par sa troisième épouse, Mucia Tertia. Lui et son jeune frère Sextus Pompée ont grandi dans l’ombre de leur père, l’un des meilleurs généraux de Rome et non à l’origine un politicien conservateur qui a dérivé vers la faction plus traditionnelle lorsque Jules César est devenu une Menace. Lorsque César franchit le Rubicon en 49 av. j.-c., déclenchant ainsi une guerre civile, Gnaeus suivit son père dans leur fuite vers l’est, comme la plupart des sénateurs conservateurs., L’armée de Pompée a perdu la bataille de Pharsale en 48 avant JC, et Pompée lui-même a dû courir pour sa vie, seulement pour être assassiné en Égypte le 29 septembre de la même année.
Après le meurtre, Gnaeus et son frère Sextus ont rejoint la résistance contre César dans la Province D’Afrique. Avec Metellus Scipion, Caton le jeune et d’autres sénateurs, ils se préparèrent à s’opposer à César et à son armée jusqu’au bout. César a vaincu Metellus Scipion et Caton, qui s’est ensuite suicidé, à la bataille de Thapsus en 46 av. Gnaeus s’est échappé, cette fois aux Baléares, où il a rejoint Sextus., Avec Titus Labienus, ancien général de L’armée de César, les frères Pompée traversèrent L’Hispanie (la péninsule Ibérique, comprenant l’Espagne moderne et le Portugal), où ils levèrent une autre armée.
César suivit bientôt et, le 17 mars 45 av. j.-c., les armées se rencontrèrent lors de la bataille de Munda. Les deux armées étaient grandes et dirigées par des généraux compétents. La bataille fut serrée, mais finalement une charge de cavalerie de César tourna les événements de son côté. Dans la bataille et la fuite paniquée qui a suivi, Titus Labienus et environ 30 000 hommes du côté pompéien sont morts., Gnaeus et Sextus ont réussi à s’échapper une autre fois mais les partisans étaient difficiles à trouver. Il était maintenant clair que César avait gagné la guerre civile. En quelques semaines, Gnaeus Pompeius fut acculé et tué par Lucius Caesennius Lento. Sextus Pompeius a pu garder une longueur d’avance sur ses ennemis et a survécu à son frère pendant une autre décennie.