Cette église de style néogothique en brique avec son haut clocher a remplacé une église antérieure de 1872 gravement endommagée par le tremblement de terre de 1886. Construit en 1891, il conserve son autel d’origine, son rail de communion, ses bancs et ses luminaires. Le sanctuaire est l’un des rares intérieurs religieux inaltérés à Charleston qui datent de la période victorienne. Aujourd’hui, Emanuel est la plus ancienne église épiscopale méthodiste africaine dans le Sud et abrite la plus ancienne congrégation noire au sud de Baltimore, MD.,
l’histoire de cette congrégation reflète le développement des institutions religieuses pour les Afro-Américains à Charleston. Ses racines proviennent d’un groupe religieux de noirs et d’esclaves libres organisé en 1791. En 1816, des membres noirs de L’Église méthodiste épiscopale de Charleston se retirèrent au sujet d’un cimetière contesté et, sous la direction de Morris Brown, formèrent une congrégation distincte. Peu de temps après, les 1 400 membres de l’église se sont établis en une église épiscopale méthodiste africaine, une dénomination officiellement établie la même année à Philadelphie, en Pennsylvanie., Deux ans plus tard, Brown et d’autres ministres de l’Église ont été emprisonnés pour avoir violé les lois de l’état et locales qui interdisaient les rassemblements religieux d’esclaves et de Noirs libres indépendants de la surveillance blanche.