Huolissaan läsnäolo aseistettuja sotilaita kaupungissa johtaisi syytteen pakottamisesta, Paul päätti lykätä neuvoston kunnes hän voisi löytää toiseen paikkaan. Vicenza suostui isännöimään kirkolliskokousta toukokuussa 1538 ja Paavali kutsui piispat kaupunkiin. Kun paikalle saapui vain vähän piispoja, paavi lykkäsi vielä kerran kirkolliskokousta. Kolme vuotta myöhemmin Paavi Paavali III ja Keisari Kaarle V tapasi Italiassa keskustellaan neuvostossa, ja keisari ehdotti keisarillinen kaupunki Trent sijainti neuvostolle., Paavi suostui ja antoi bullan, jossa kehotettiin neuvostoa kokoontumaan Trentissä marraskuussa 1542. Jatkuva sodankäynti Euroopassa kuitenkin esti riittävän määrän piispoja ja kirkolliskokous keskeytettiin jälleen. Lopulta rauha saatiin aikaan ja neuvosto aloitti 13. joulukuuta 1545.
Trenton Kirkolliskokous on yksi kirkkohistorian tärkeimmistä kokouksista., Nimeltään määritellä aito Katolinen oppi vastauksena Protestanttinen vallankumous ja ennakoi ajan, aito uudistus, neuvoston istuntoja olisi span kahdeksantoista vuotta (koska kaksi pitkät keskeytykset). Mutta varsinainen työ neuvosto pani neljä ja puoli vuotta, joka kattaa kolme pontificates. Neuvosto laati määrällisesti enemmän asetuksia ja kanoneita kuin koko lainsäädäntö aiemmista kahdeksastatoista neuvostosta.
ensimmäinen kokous tapahtunut 1545-1547 ja pääasiassa keskittynyt perustamisesta menettelyjä hyödyntää johtamiseen konsiliaarisia liiketoimintaa., Se hyväksyi myös Asetukset Pyhästä Raamatusta ja Pyhästä perinteestä, Raamatun kaanonista (Vulgatan seitsemänkymmentäkolme kirjaa), perisynnistä ja Vanhurskauttamisesta. Piispat hylkäsivät avain Protestanttisen opin ”yksin uskosta” perustelu, julistaa, että usko on mukana toivo ja rakkaus, ja havainnollistetaan elämän kautta hyviä tekoja. Kirkolliskokous aloitti myös sakramenttien opillisen tarkastelun ja määritteli kasteen ja konfirmaation. Uudistus asetukset laittomaksi poissaolot (piispat, jotka eivät asu heidän hiippakunta) ja moniarvoisuus (yksi mies piispana useita hiippakuntien)., Valitettavasti suuri työ alkanut neuvoston keskeytettiin, kun paavin armeija marssi läpi Trent toi pilkkukuume, jättäen useita piispoja sairas ja jopa tappaa. Neuvosto isät äänesti siirtää tapaaminen Bologna ja jatkaa neljäkymmentä päivää, mutta ehdotettu muutos sijainti niin suututti Charles V, että Paavali III keskeytetty neuvosto taas neljä vuotta.
Kun neuvosto kokoontui jälleen, Paavi Julius III (r. 1550-1555), joka oli ollut vanhempi paavin lähettiläs ensimmäisessä kokouksessa Trent, onnistui Paavali III., Tässä toisessa kokouksessa, piispat vahvisti Katolisen opetuksen mukaan Ehtoollisen, erityisesti oppi vahvistan, sekä sakramentit parannuksen ja viimeinen voitelu (sairaiden voiteleminen). Toinen konsiliaarisia jousitus tapahtui vuonna 1552, kun Protestanttien armeija valloitti Innsbruck, vain 110 kilometrin päässä Trent, ja Paavi Julius pelkäsi hyökkäys koottu piispat. Kuluisi kokonainen vuosikymmen, ennen kuin valtuuston työ jatkuisi.
muuna vuosikymmenen aikana, Paavi Julius III kuoli ja seurasi Giovanni Angelo Medici, joka otti nimen Pius IV (r. 1559-1565)., Uudistukseen sitoutunut Pius IV kutsui maailman piispat koolle Trentiin vielä kerran kirkolliskokouksen kolmanteen kokoukseen. Kokous oli tuloksellisin ja siihen osallistui hyvin yli 250 piispaa. Konsiliaarisia isät kulunut asetukset, jotka koskevat hierarkkinen rakenne Kirkon, uskonnollisen elämän, Kiirastuli, kunnioitusta pyhäinjäännöksiä, esirukous pyhien, ja aneet. Kirkolliskokous keskittyi myös papiston kouluttamiseen ja perustamiseen valtuuttamalla perustamaan ”pappisseminaarin” jokaiseen hiippakuntaan koko kirkkoon., Hengellisten rangaistusten, kuten kirkonkirouksen ja käskykirjeen, väärinkäyttöä poliittisiin tarkoituksiin käsiteltiin, kun piispoja muistutettiin käyttämään näitä rangaistuksia säästeliäästi ja oikeaan tarkoitukseen.
– neuvosto vaati piispoja elää niiden hiippakunnan ja olla poissa yli kolme kuukautta, ja koskaan aikana vuodenaikoina Adventin ja Paaston. Piispoja kehotettiin käymään kaikissa hiippakunnan seurakunnissa vähintään kerran vuodessa ja saarnaamaan joka sunnuntai. Roomalaisen paavin ainutlaatuinen palvelus korostui protestanttien hyökkäyksissä paaviutta vastaan., Jotta elvyttää Katolinen hengellisyys, neuvoston isät pyysi tarkistaminen ja julkaiseminen Roman Missal ja Rukouskirja (Divine Office). Neuvoston isät vaativat myös sellaisen Yleismaailmallisen katekismuksen luomista, jota voitaisiin käyttää uskon opettamiseen protestanttisuuden virheiden torjumiseksi.
sen Jälkeen, kun kolme kokousta yli kahdeksantoista vuoden ajan, Paavi Pius IV suljettu neuvoston 4. joulukuuta, 1563 ja julkaistava sen asetukset. Trenton Kirkolliskokous muutti perusteellisesti katolista kirkkoa, joka muuttui elinvoimaisemmaksi, antautuneemmaksi ja keskittyi evankelioimiseen., Sanat ranskalainen historioitsija Henri Daniel-Rops, ”oli todellakin, vuonna 1563, uusi Katolinen Kirkko, enemmän varma hänen dogmi, enemmän arvoinen hallita sieluja, enemmän tietoinen hänen roolinsa ja tehtävänsä.”