Gnaeus Pompeius oli vanhin poika Pompeius Suuri (Gnaeus Pompeius Magnus) hänen kolmas vaimonsa, Mucia Tertia. Molemmat hän ja hänen nuorempi veli Sextus Pompeius varttui varjossa isänsä, joka on yksi Rooman parhaista kenraalit ja ei alun perin konservatiivinen poliitikko, joka ajautui enemmän perinteinen ryhmä, kun Julius Caesar tuli uhka. Kun Caesar ylitti Rubicon vuonna 49 EKR., jolloin alkaa sisällissota, Gnaeus seurasi isäänsä heidän paeta Itään, kuten useimmat konservatiiviset senaattorit., Pompeiuksen armeija hävisi Pharsaloksen taistelun vuonna 48 eaa, ja Pompeius itse joutui pakenemaan henkensä edestä vain tullakseen murhatuksi Egyptissä 29.
murhan Jälkeen, Gnaeus ja hänen veli Sextus liittyi resistance vastaan Caesar-Afrikan Maakunnassa. Yhdessä Metellus Scipion, Cato nuoremman ja muiden senaattorien kanssa he valmistautuivat vastustamaan Caesaria ja hänen armeijaansa loppuun asti. Caesar kukisti Metellus Scipion ja myöhemmin itsemurhan tehneen Caton Thapsoksen taistelussa vuonna 46 eaa. Gnaeus pakeni tällä kertaa Baleaareille, jossa hän liittyi Sextukseen., Yhdessä Titus Labienus, entinen general Caesarin armeijan, Pompey veljekset ylittivät Hispania (Iberian Niemimaalla, jossa moderni Espanja ja Portugali), jossa he nostivat vielä toinen armeija.
Caesar seurasi pian, ja 17. Maaliskuuta 45 EKR, armeijat tapasi Taistelussa Mandahl. Molemmat armeijat olivat suuria ja niitä johtivat kyvykkäät kenraalit. Taistelu käytiin tiiviisti, mutta lopulta Caesarin suorittama ratsuväkilataus käänsi tapahtumat hänen puolelleen. Taistelussa ja paniikissa paeta, joka seurasi, Titus Labienus ja arviolta 30 000 miestä Pompeian puolella kuoli., Gnaeus ja Sextus onnistuivat pakenemaan toistamiseen, mutta kannattajia oli vaikea löytää. Caesar oli jo voittanut sisällissodan. Muutaman viikon kuluttua Gnaeus Pompeius joutui Lucius Caesennius Lenton saartamaksi ja surmaamaksi. Sextus Pompeius pystyi pitämään askeleen vihollisiaan edellä ja selvisi veljestään vielä vuosikymmenen ajan.