Perustajajäsen Iranin Islamilaisen Tasavallan
kolmas vaihe Khomeinin elämä alkoi hänen paluutaan Iraniin maanpaosta 1. helmikuuta 1979, kun Muhammed Reza Shaahi oli pakotettu eroamaan kaksi viikkoa aiemmin. Helmikuuta khomeinille uskolliset vallankumousjoukot kaappasivat vallan Iranissa, ja Khomeini nousi Iranin islamilaisen tasavallan perustajaksi ja ylimmäksi johtajaksi.,
Khomeinin ja hänen seuraajiensa näkökulmasta Iranin vallankumous kävi läpi useita ”vallankumouksellisia” vaiheita. Ensimmäinen vaihe alkoi Khomeinin nimittäminen Mehdi Bazargan johtajana ”väliaikainen hallitus” 5. helmikuuta 1979, ja päättyi hänen syksyllä 6. marraskuuta, kaksi päivää sen jälkeen kaapata YHDYSVALTAIN suurlähetystö (USA: n päämaja Iranissa).
toista vallankumousta leimasi lähinnä kansallismielisten voimien eli kulttuurin eduille omistettujen voimien eliminointi., Jo 20.elokuuta 1979 22 sanomalehteä, jotka ottivat yhteen Khomeinin näkemysten kanssa, määrättiin suljettaviksi. Ulkopolitiikassa, maamerkkejä toinen vallankumous oli tuhoaminen YHDYSVALTAIN ja Iranin suhteet ja pääsy shah yhdysvaltoihin 22. lokakuuta 1979. Kaksi viikkoa myöhemmin Khomeini kehotti iranilaisia opiskelijoita ”laajentamaan kaikin voimin hyökkäyksiään Yhdysvaltoja vastaan” pakottaakseen shaahin luovutuksen (laillisen antautumisen)., Takavarikointi Yhdysvaltain suurlähetystön 4. marraskuuta johti 444 päivää tuskallinen kiista yhdysvaltojen ja Iranin kunnes vapauttamaan panttivangit. tammikuuta 21, 1981.
niin sanottu kolmas vallankumous alkoi Khomeini erotti Presidentti Abul Hassan Bani-Sadr 22. kesäkuuta 1981. Bani-Sadrin kohtalosta oli seurausta Khomeini päättäväisyyttä poistaa vallasta tahansa yksilö tai ryhmä, joka voi seistä tapa ihanteellinen Iranin Islamilaisen Tasavallan. Tätä hallitusta oli kuitenkin vielä muokattava perusteellisesti hänen Islamintulkintansa mukaan., Ulkopolitiikan kannalta, tärkeimmät ominaisuudet kolmas vallankumous oli jatkoa Irakin-Iranin sota, laajennettu pyrkimyksiä viedä ”Islamilaisen vallankumouksen” ja lisäämällä suhteita Neuvostoliiton kanssa, kerran voimakas kansakunta, joka oli valmistettu Venäjällä, ja useita muita pienempiä kansoja.
vallankumous alkoi käydä läpi vielä neljännen vaiheen vuoden 1982 lopulla. Kotimaassa toimisto-luokka oli yhdistetty sen valvontaa, estää maa-jakelu, ja edistää roolia yksityiset kansalaiset., Kansainvälisesti Iran etsi keinoa lopettaa asemansa hylkiönä ja yritti ottaa etäisyyttä terroristiryhmiin. Se laajensi kauppasuhteita Länsi-Euroopan, Kiinan, Japanin ja Turkin kanssa ja vähensi vuorovaikutusta Neuvostoliiton kanssa. Iran väitti myös, että ovi oli auki suhteiden palauttamiselle Yhdysvaltoihin.