Guerra Civil Estadounidense y después
el siguiente intento de guerra submarina de los Estados Unidos se produjo durante la Guerra Civil (1861-65) cuando los Estados Confederados recurrieron a métodos «no convencionales» para superar la fuerza superior de la Armada de la Unión, ejercida en un bloqueo de los puertos del Sur. En 1862 Horace L. Hunley de Mobile, Ala., financió la construcción de un submarino confederado llamado Pioneer, una nave que tenía 34 pies de largo y era impulsada por una hélice de manivela operada por tres hombres., Probablemente fue hundido para evitar su captura cuando las fuerzas de la Unión ocuparon Nueva Orleans (aunque algunos registros dicen que el Pioneer se perdió con todos los que estaban a bordo durante una inmersión mientras se dirigía a atacar a los barcos de la Unión).
el segundo submarino desarrollado por los mismos Constructores era un concepto notablemente avanzado: un barco de hierro de 25 pies destinado a ser propulsado por una batería y motores eléctricos. Como era de esperar, no se pudieron encontrar motores adecuados, por lo que una hélice accionada por cuatro hombres fue nuevamente adoptada. El submarino se hundió sin pérdida de vidas en fuertes mares frente a Mobile Bay mientras intentaba atacar al enemigo.,
el tercer submarino de la Confederación fue el H. L. Hunley, una caldera de hierro modificada alargada entre 36 y 40 pies. Los tanques de lastre y un sistema de pesos sumergían la nave; podía viajar a una velocidad de cuatro millas por hora, impulsado por ocho hombres que accionaban su hélice. Su armamento consistía en un» torpedo», lleno de 90 libras (40 kilogramos) de pólvora, remolcado detrás del submarino al final de una línea de 200 pies. El Hunley debía sumergirse bajo un buque de guerra enemigo y arrastrar el torpedo contra su casco., Después de una prueba exitosa contra una barcaza, el Hunley fue trasladado por ferrocarril a Charleston, Carolina del Sur.allí el buque sufrió varios desastres, hundiéndose tres veces y ahogando a varios tripulantes, incluido el propio Hunley. Tripulado por cuarta vez, el Hunley fue equipado con un» torpedo » en el extremo de un largo mástil, y la nave hizo varias inmersiones exitosas. En la noche de febrero. 17, 1864, el submarino atacó el buque de guerra de la Unión Housatonic en Charleston harbour., La detonación del torpedo explotó los cargadores del buque de guerra: el Housatonic se hundió en aguas poco profundas con la pérdida de cinco hombres, pero el Hunley también fue destruido por la explosión, y su tripulación murió.
uno de los inventores de submarinos más intrépidos del mismo período fue Wilhelm Bauer, un suboficial de artillería bávara que construyó dos barcos, Le Plongeur-Marin (1851) y Le Diable-Marin (1855). El primer barco se hundió en el puerto de Kiel en febrero. 1, 1851, pero Bauer y sus dos asistentes escaparon de una profundidad de 60 pies después de que la nave había estado en el fondo durante cinco horas., Su segunda embarcación, construida para el gobierno ruso, tuvo éxito y, según se informa, realizó 134 inmersiones antes de perderse en el mar. En septiembre de 1856, durante la coronación del zar Alejandro II, Bauer sumergió su submarino en el puerto de Kronshtadt con varios músicos a bordo. Una interpretación submarina del himno nacional ruso fue escuchada claramente por personas dentro de los barcos en el puerto.