Los pacientes con PS2 presentan un cráneo de hoja de trébol (deformidad del cráneo trilobulado) que puede causar un crecimiento cerebral limitado y una disfunción neurológica asociada, así como un compromiso respiratorio superior significativo. La segunda característica principal es amplios pulgares y alucinaciones con desviación media y braquidactilia y sindactilia variables, así como anquilosis del codo o la rodilla. Las manifestaciones neurológicas como la hidrocefalia y las convulsiones son una fuente importante de morbilidad. Los retrasos intelectuales y del desarrollo son comunes., Proptosis extrema asociada con la deformidad de la hoja del trébol causa queratopatía de exposición. Los signos oculares adicionales incluyen atrofia óptica, ptosis, estrabismo, coloboma del iris, errores refractivos, cataratas y ambliopía. También pueden estar presentes anomalías del tracto respiratorio como paladar hendido, estenosis coanal o atresia y malformaciones laringotraqueales. La obstrucción de las vías respiratorias y la apnea obstructiva del sueño son una fuente significativa de morbilidad., También se han notificado pacientes con hernia cerebral o cerebelosa, malrotación intestinal, malposición del ano, hidronefrosis, escroto bífido y vesícula biliar hipoplásica. Dada la gravedad de las manifestaciones de la enfermedad y las complicaciones asociadas, el pronóstico de este tipo de SP es precario, con un alto riesgo de muerte temprana, aunque el potencial de supervivencia a largo plazo puede aumentar con un tratamiento temprano agresivo. Las causas de muerte son principalmente complicaciones respiratorias y neurológicas.