Cneo Pompeyo era el hijo mayor de Pompeyo el Grande (Cneo Pompeyo Magnus) por su tercera esposa, el aeropuerto de murcia Tertia. Tanto él como su hermano menor Sexto Pompeyo crecieron a la sombra de su padre, uno de los mejores generales de Roma y no originalmente un político conservador que derivó hacia la facción más tradicional cuando Julio César se convirtió en una amenaza. Cuando César cruzó el Rubicón en 49 A. C., iniciando así una guerra civil, Cneo siguió a su padre en su huida hacia el Este, al igual que la mayoría de los senadores conservadores., El ejército de Pompeyo perdió la Batalla de Farsalo en 48 A. C., y el propio Pompeyo tuvo que correr para salvar su vida, sólo para ser asesinado en Egipto El 29 de septiembre del mismo año.
después del asesinato, Cneo y su hermano sexto se unieron a la resistencia contra César en la Provincia de África. Junto con Metelo Escipión, Catón el joven y otros senadores, se prepararon para oponerse a César y su ejército hasta el final. César derrotó a Metelo Escipión y Catón, que posteriormente se suicidó, en la Batalla de Tapsus en 46 A.C. Cneo escapó, esta vez a las Islas Baleares, donde se unió a sexto., Junto con Tito Labieno, antiguo general del ejército de César, los hermanos Pompeyo cruzaron a Hispania (la Península Ibérica, que comprende la actual España y Portugal), donde levantaron otro ejército.
César pronto siguió y, el 17 de marzo del 45 A. C., los ejércitos se reunieron en la Batalla de Munda. Ambos ejércitos eran grandes y dirigidos por Generales capaces. La batalla se libró de cerca, pero finalmente una carga de caballería de César hizo que los acontecimientos se pusieran de su lado. En la batalla y el pánico que siguió, Tito Labieno y un estimado de 30.000 hombres del bando pompeyano murieron., Cneo y sexto lograron escapar en otro momento, pero los partidarios fueron difíciles de encontrar. Ya estaba claro que César había ganado la guerra civil. En pocas semanas, Cneo Pompeyo fue acorralado y asesinado por Lucio Cesenio Lento. Sexto Pompeyo fue capaz de mantenerse un paso por delante de sus enemigos, y sobrevivió a su hermano durante otra década.