1996 spielte Borgnine in dem im Fernsehen übertragenen Fantasy – /Thriller-Film Merlins Shop of Mystical Wonders (teilweise nach dem Horrorfilm The Devil ‚ s Gift von 1984). Als Erzähler und Geschichtenerzähler, Borgnine erzählt eine Reihe verwandter übernatürlicher Geschichten, Seine modernen Fabeln konzentrieren sich insbesondere auf ein verzaubertes und böswilliges Becken-hämmerndes Affenspielzeug, das dem Zauberer Merlin gestohlen wurde. Der Film wurde später in der parodischen Fernsehserie Mystery Science Theater 3000 vorgestellt und hat seitdem eine prominente Kultfolge gewonnen., Ebenfalls 1996 tourte Borgnine mit einem Bus durch die USA, um seine Fans zu treffen und das Land zu sehen. Die Reise war Gegenstand einer Dokumentation von 1997, Ernest Borgnine im Bus. Er diente auch ein Jahr als Vorsitzender des Nationalen Grußes an hospitalisierte Veteranen und besuchte Patienten in vielen medizinischen Zentren der Abteilung für Veteranenangelegenheiten.
1997 trat Borgnine in der Großbildadaption von McHale ‚ s Navy auf, wo er Konteradmiral Quinton McHale spielte, der auch der Vater von Tom Arnolds Charakter Quinton McHale Jr. war.,
1999 bis 2011: Letzte Arbeitedit
Ab 1999 stellte Borgnine der animierten Sitcom SpongeBob SquarePants als älterer Superheld Mermaid Man sein Stimmtalent zur Verfügung (wo er mit seinem McHale Navy Co-Star Tim Conway als die Stimme von Mermaid Man Sidekick Barnacle Boy gepaart wurde). Er drückte Zuneigung für diese Rolle aus, nicht zuletzt für ihre Beliebtheit bei Kindern. Nach seinem Tod Nickelodeon wieder ausgestrahlt alle Episoden, in denen Mermaid Man erschien in memoriam., Borgnine trat auch als er selbst in der Simpsons-Episode „Boy-Scoutz ’n the Hood“ auf, zusätzlich zu einer Reihe von Fernsehwerbespots. Im Jahr 2000 war er der ausführende Produzent von Hoover, in dem er der einzige gutgeschriebene Schauspieler war.
Im Jahr 2007 spielte Borgnine in dem Markenzeichen Originalfilm A Grandpa for Christmas. Er spielte einen Mann, der, nachdem seine entfremdete Tochter wegen eines Autounfalls im Krankenhaus gelandet ist, entdeckt, dass er eine Enkelin hat, von der er nie wusste. Sie wird in seine Obhut genommen, und sie werden bald gute Freunde., Borgnine erhielt für seine Leistung eine Golden Globe-Nominierung als bester Schauspieler in einer Miniserie oder einem Film, der für das Fernsehen gedreht wurde. Mit 90 Jahren war er der älteste Golden Globe-Kandidat aller Zeiten.
Borgnines Autobiografie Ernie wurde im Juli 2008 von Citadel Press veröffentlicht. Ernie ist eine lockere, gesprächige Erinnerung an Höhepunkte seiner Schauspielkarriere und bemerkenswerte Ereignisse aus seinem persönlichen Leben.
Am 2. April 2009 trat er in der letzten Folge der langjährigen medizinischen Serie ER auf. Seine Rolle war die eines Mannes, dessen lange Ehe mit dem Tod seiner Frau endete., In seiner letzten Szene liegt sein Charakter in einem Krankenhausbett neben seiner gerade verstorbenen Frau. Seine Leistung sammelte eine Emmy-Nominierung für herausragende Gastschauspieler in einer Drama-Serie, seine dritte Nominierung und seine erste in 29 Jahren (seit er für herausragende Nebendarsteller in einer limitierten Serie oder eine besondere in 1980 für All Quiet on the Western Front nominiert).
2009, im Alter von 92 Jahren, spielte er als Frank, die Hauptfigur eines anderen Harvest Moon, unter der Regie von Greg Swartz und auch mit Piper Laurie und Anne Meara., Am 2. Oktober 2010 erschien Borgnine als er selbst in einer Skizze mit Morgan Freeman am Saturday Night Live. Oktober 2010 erschien er in Red, das Anfang des Jahres gedreht wurde. Ende 2011 beendete Borgnine seinen letzten Film und spielte Rex Page in dem Mann, der Vicente Fernandez die Hand schüttelte.