Da die Anwesenheit bewaffneter Soldaten in der Stadt zu Zwangsvorwürfen führen würde, beschloss Paul, den Rat zu verschieben, bis er einen anderen Ort finden konnte. Vicenza stimmte zu, den Rat im Mai 1538 auszurichten, und Paulus rief Bischöfe in die Stadt. Als wenige Bischöfe eintrafen, verschob der Papst noch einmal das Konzil. Drei Jahre später trafen sich Papst Paul III. und Kaiser Karl V. in Italien, um das Konzil zu besprechen, und der Kaiser schlug die kaiserliche Stadt Trent als Ort für das Konzil vor., Der Papst stimmte zu und gab einen Bullen heraus, der das Konzil aufforderte, sich im November 1542 in Trent zu treffen. Die anhaltende Kriegsführung in Europa verhinderte jedoch die Ankunft einer ausreichenden Anzahl von Bischöfen, und der Rat wurde erneut ausgesetzt. Dezember 1545 begann der Konzil mit der Errichtung des Friedens.
Das Konzil von Trient ist eine der wichtigsten Versammlungen der Kirchengeschichte., Die Sitzungen des Rates, die als Reaktion auf die protestantische Revolution zur Definition der authentischen katholischen Lehre aufgerufen wurden und eine Periode authentischer Reformen einleiteten, würden sich über achtzehn Jahre erstrecken (aufgrund zweier langwieriger Suspensionen). Aber die eigentliche Arbeit des Rates dauerte viereinhalb Jahre und umfasste drei Pontifikate. Der Rat hat volumenmäßig mehr Dekrete und Kanone erlassen als die gesamte Gesetzgebung der vorherigen achtzehn Räte.
Das erste Treffen fand von 1545-1547 statt und konzentrierte sich hauptsächlich auf die Festlegung der Verfahren für die Durchführung von konziliaren Geschäften., Es verabschiedete auch Dekrete über die Heilige Schrift und die Heilige Tradition, den Kanon der Schrift (die dreiundsiebzig Bücher in der Vulgata), die Erbsünde und die Rechtfertigung. Die Bischöfe lehnten die zentrale protestantische Lehre von der Rechtfertigung des „Glaubens allein“ ab und erklärten, dass der Glaube von Hoffnung und Liebe begleitet und durch gute Werke im Leben veranschaulicht werden müsse. Das Konzil begann auch eine Überprüfung der Sakramente in der Lehre und definierte Taufe und Konfirmation. Reformdekrete verbieten Fehlzeiten (Bischöfe, die nicht in ihrer Diözese leben) und Pluralismus (ein Mann als Bischof mehrerer Diözesen)., Leider wurde die vom Konzil begonnene große Arbeit ausgesetzt, als eine päpstliche Armee, die durch Trent marschierte, Typhus brachte, mehrere Bischöfe krank machte und sogar einen tötete. Die Ratsväter stimmten dafür, das Treffen nach Bologna zu verlegen und in vierzig Tagen wieder einzurichten, aber der vorgeschlagene Standortwechsel verärgerte Karl V. so sehr, dass Paul III den Rat für weitere vier Jahre suspendierte.
Als das Konzil erneut einberufen wurde, trat Papst Julius III. (1550-1555), der bei der ersten Begegnung von Trient der oberste päpstliche Legat gewesen war, die Nachfolge von Paul III. an. , Bei diesem zweiten Treffen bekräftigten die Bischöfe die katholische Lehre über die Eucharistie, insbesondere die Lehre von der Transubstantiation, sowie die Sakramente der Buße und der extremen Unktion (Salbung der Kranken). Eine weitere versöhnliche Aussetzung ereignete sich 1552, als eine protestantische Armee Innsbruck eroberte, nur 110 Meilen von Trent entfernt, und Papst Julius einen Angriff auf die versammelten Bischöfe befürchtete. Ein ganzes Jahrzehnt würde vergehen, bevor die Arbeit des Rates wieder aufgenommen würde.
Im dazwischenliegenden Jahrzehnt starb Papst Julius III. und wurde Nachfolger von Giovanni Angelo Medici, der den Namen Pius IV., Pius IV. rief die Bischöfe der Welt auf, sich erneut in Trient zur dritten Tagung des Rates zu versammeln. Dieses Treffen war mit über 250 Bischöfen das produktivste und gut besuchte. Die versöhnlichen Väter verabschiedeten Dekrete über die hierarchische Struktur der Kirche, das religiöse Leben, das Fegefeuer, die Verehrung von Reliquien, die Fürsprache der Heiligen und Ablässe. Der Rat konzentrierte sich auch auf die Ausbildung und Bildung von Geistlichen, indem er die Einrichtung eines „Seminars“ in jeder Diözese in der gesamten Kirche beauftragte., Der Missbrauch von geistlichen Strafen, wie Exkommunikation und Interdiktat, für politische Zwecke wurde angesprochen, da Bischöfe daran erinnert wurden, diese Strafen sparsam und für den richtigen Zweck einzusetzen.
Der Rat forderte die Bischöfe auf, in ihrer Diözese zu leben und nicht länger als drei Monate und niemals während der Advents-und Fastenzeit abwesend zu sein. Die Bischöfe wurden aufgefordert, alle Pfarreien der Diözese mindestens einmal im Jahr zu besuchen und jeden Sonntag zu predigen. Das einzigartige Ministerium des römischen Papstes wurde als Reaktion auf protestantische Angriffe gegen das Papsttum hervorgehoben., Um die katholische Spiritualität wiederzubeleben, forderten die Konzilsväter die Überarbeitung und Veröffentlichung des römischen Missals und des Breviars (Göttliches Amt). Die Konzilsväter forderten auch die Schaffung eines universellen Katechismus, der verwendet werden könnte, um den Glauben zu lehren, um die Fehler des Protestantismus zu bekämpfen.
Nach drei Sitzungen über einen Zeitraum von achtzehn Jahren schloss Papst Pius IV. das Konzil am 4. Dezember 1563 und verkündete seine Dekrete. Das Konzil von Trent hat die katholische Kirche grundlegend verändert, die lebendiger, engagierter und konzentrierter auf die Evangelisierung wurde., Nach den Worten des französischen Historikers Henri Daniel-Rops “ gab es in der Tat 1563 eine neue katholische Kirche, die sich ihres Dogmas sicherer war, die es würdiger war, Seelen zu regieren, sich ihrer Funktion und ihrer Pflichten bewusster war.”