Termodynamik af Hydrofobe Interaktioner
Når en hydrophobe er faldet i et vandigt medium, hydrogen-bindinger mellem vandmolekylerne vil være brudt for at give plads til den hydrophobe; men vandmolekyler, der ikke reagerer med hydrophobe. Dette betragtes som en endoterm reaktion, fordi når bindinger er brudt, sættes varme ind i systemet., Vandmolekyler, der forvrænges af tilstedeværelsen af hydrofoben, vil skabe nye hydrogenbindinger og danne en islignende burstruktur kaldet et clathrate bur omkring hydrofoben. Denne orientering gør systemet (hydrophobe) mere struktureret med et fald i systemets samlede entropi; derfor \( \Delta s < 0\).,
Den ændring i enthalpi (\( \Delta T \)) af systemet kan være negativ, nul eller positiv, fordi den nye brint-obligationer kan delvist, helt eller over kompensere for brint obligationer fordelt ved indgangen til hydrophobe. Ændringen i enthalpi er imidlertid ubetydelig ved bestemmelse af spontaniteten af reaktionen (blanding af hydrofobe molekyler og vand), fordi ændringen i entropi (\( \Delta s \)) er stor.
ifølge Gibbs Energiformlen
\