Gnaeus Pompeius var den ældste søn af Pompejus den Store (Gnaeus Pompeius Magnus) i sin tredje hustru, Mucia Tertia. Både han og hans yngre bror Se .tus Pompey voksede op i skyggen af deres far, en af Roms bedste generaler og ikke oprindeligt en konservativ politiker, der drev til den mere traditionelle fraktion, da Julius Caesar blev en trussel. Da Cæsar krydsede Rubicon i 49 f. kr., og dermed startede en borgerkrig, Gnaeus fulgte sin far i deres flugt mod øst, ligesom de fleste af de konservative senatorer gjorde., Pompeys hær tabte slaget ved Pharsalus i 48 f. kr., og Pompey selv måtte løbe for sit liv, kun for at blive myrdet i Egypten den 29.September samme år.
efter mordet sluttede Gnaeus og hans bror Se .tus sig til modstanden mod Caesar i Afrika-provinsen. Sammen med Metellus Scipio, Cato den yngre og andre senatorer, forberedte de sig på at modsætte sig kejseren og hans hær til slutningen. Caesar besejrede Metellus Scipio og Cato, der efterfølgende begik selvmord, i Slaget ved Thapsus i 46 f.kr. Gnaeus flygtede, denne gang til De Baleariske Øer, hvor han sluttede sig til Se .tus., Sammen med Titus Labienus, tidligere general i Kejserens hær, Pompejus brødre krydset over til Hispania (den Iberiske Halvø, bestående af moderne Spanien og Portugal), hvor de rejste endnu en hær.Cæsar fulgte snart efter, og den 17. marts 45 F. kr. mødtes Hærene i Slaget ved Munda. Begge hære var store og ledet af dygtige generaler. Slaget blev nøje udkæmpet, men i sidste ende en kavaleri afgift af Cæsar vendte begivenheder til hans side. I slaget og den panik flugt, der fulgte, Titus Labienus og en anslået 30.000 mænd af den pompejanske side døde., Gnaeus og se .tus formået at undslippe en anden gang, men tilhængere var vanskelige at finde. Det var nu klart Cæsar havde vundet borgerkrigen. Inden for et par uger blev Gnaeus Pompeius hjørnet og dræbt af Lucius Caesennius Lento. Se .tus Pompeius var i stand til at holde et skridt foran sine fjender og overlevede sin bror i endnu et årti.