i 1996 medvirkede Borgnine i den tv-transmitterede fantasy / thrillerfilm Merlin ‘s Shop of Mystical Wondersonders (delvist tilpasset fra horrorfilmen The Devil’ s Gift fra 1984). Som fortæller og historiefortæller fortæller Borgnine en række relaterede overnaturlige historier, hans moderne fabler, der især centrerer sig om et fortryllet og ondsindet cymbal-banging abe legetøj stjålet fra guiden Merlin. Filmen blev senere vist i den parodiske tv-serie Mystery Science Theatre 3000, og har siden fået en fremtrædende kultfølger., Også i 1996 turnerede Borgnine USA på en bus for at møde sine fans og se landet. Turen var genstand for en 1997 dokumentarfilm, Ernest Borgnine on the Bus. Han tjente også et år som formand for den nationale Salute til indlagte veteraner, besøger patienter i mange Department of Veterans Affairs medicinske centre.i 1997 optrådte Borgnine i den store skærmtilpasningskomediefilm McHale ‘ s Navy, hvor han spillede kontreadmiral Admiraluinton McHale, som også var far til Tom Arnolds karakter, Jr.uinton McHale Jr.,
1999 til 2011: Sidste worksEdit
Start i 1999, Borgnine, forudsat at hans stemme talent til den animerede tv-serie Svampebob Firkant som ældre superhelt Havfrue Mand (hvor han blev parret op med sin McHale ‘s Navy co-stjernede Tim Conway som talerør for Mermaid Man’ s sidekick Barnacle Boy). Han udtrykte kærlighed til denne rolle, ikke i nogen lille del for dens popularitet blandt børn. Efter hans død blev Nickelodeon sendt alle de episoder, hvor Mermaid Man optrådte i memoriam., Borgnine optrådte også som sig selv i Simpsons-episoden “Boy-Scout. ‘n The Hood”, ud over en række tv-reklamer. I 2000 var han den udøvende producent af Hoover, hvor han var den eneste krediterede skuespiller.i 2007 medvirkede Borgnine i den karakteristiske originale film a Grandpa for Christmas. Han spillede en mand, der, efter at hans fremmedgjorte datter ender på hospitalet på grund af en bilulykke, opdager, at han har et barnebarn, han aldrig vidste om. Hun er taget i hans pleje, og de bliver snart gode venner., Borgnine modtog en Golden Globe-nominering til Bedste Skuespiller i en Mini-serie eller film lavet til TV til hans præstation. Som 90-årig var han den ældste Golden Globe-nominerede nogensinde.Borgnines selvbiografi Ernie blev udgivet af Citadel Press i juli 2008. Ernie er en løs, samtale erindring af højdepunkter fra hans skuespillerkarriere og bemærkelsesværdige begivenheder fra hans personlige liv.
den 2.April 2009 optrådte han i den sidste episode af den langvarige medicinske serie ER. Hans rolle var en mand, hvis lange ægteskab sluttede med hans kones død., I hans sidste scene, hans karakter ligger i en hospitalsseng, der ligger ved siden af sin lige afdøde kone. Hans præstation fik en Emmy-nominering til fremragende gæsteskuespiller i en dramaserie, hans tredje nominering og hans første på 29 år (siden han blev nomineret til fremragende understøttende skuespiller i en begrænset serie eller en speciel i 1980 for All Quietuiet on the Westernestern Front).
i 2009, i en alder af 92, medvirkede han som Frank, hovedpersonen i Another Harvest Moon, instrueret af Greg s .art.og også med Piper Laurie og Anne Meara i hovedrollen., Den 2. oktober 2010 optrådte Borgnine som sig selv i en skitse med Morgan Freeman på Saturday Night Live. Den 15. oktober 2010 optrådte han i rødt, som blev filmet tidligere samme år. I slutningen af 2011 afsluttede Borgnine, hvad der ville være hans sidste film, hvor han spillede re.Page i manden, der rystede Vicente Fernande. ‘ hånd.